Generating synthetic data from administrative health records for drug safety and effectiveness studies
Notice bibliographique
Résumé
Introduction: Administrative health records (AHRs) are used to conduct population-based post-market drug safety and comparative effectiveness studies to inform healthcare decision making. However, the cost of data extraction, and the challenges associated with privacy and securing approvals can make it challenging for researchers to conduct methodological research in a timely manner using real data. Generating synthetic AHRs that reasonably represent the real-world data are beneficial for developing analytic methods and training analysts to rapidly implement study protocols. We generated synthetic AHRs using two methods and compared these synthetic AHRs to real-world AHRs. We described the challenges associated with using synthetic AHRs for real-world study. Methods: The real-world AHRs comprised prescription drug records for individuals with healthcare insurance coverage in the Population Research Data Repository (PRDR) from Manitoba, Canada for the 10-year period from 2008 to 2017. Synthetic data were generated using the Observational Medical Dataset Simulator II (OSIM2) and a modification (ModOSIM). Synthetic and real-world data were described using frequencies and percentages. Agreement of prescription drug use measures in PRDR, OSIM2 and ModOSIM was estimated with the concordance coefficient. Results: The PRDR cohort included 169,586,633 drug records and 1,395 drug types for 1,604,734 individuals. Synthetic data for 1,000,000 individuals were generated using OSIM2 and ModOSIM. Sex and age group distributions were similar in the real-world and synthetic AHRs. However, there were significant differences in the number of drug records and number of unique drugs per person for OSIM2 and ModOSIM when compared with PRDR. For the average number of days of drug use, concordance with the PRDR was 16% (95% confidence interval [CI]: 12%-19%) for OSIM2 and 88% (95% CI: 87%-90%) for ModOSIM. Conclusions: ModOSIM data were more similar to PRDR than OSIM2 data on many measures. Synthetic AHRs consistent with those found in real-world settings can be generated using ModOSIM. Synthetic data will benefit rapid implementation of methodological studies and data analyst training.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,012 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».