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Enregistrement W4389047718 · doi:10.1038/s41375-023-02093-7

Tumor heterogeneity and immune-evasive T follicular cell lymphoma phenotypes at single-cell resolution

2023· article· en· W4389047718 sur OpenAlexaff
Sakurako Suma, Yasuhito Suehara, Manabu Fujisawa, Yoshiaki Abe, Keiichiro Hattori, Kenichi Makishima, Tatsuhiro Sakamoto, Aya Sawa, Hiroko Bando, Daisuke Kaji, Takeshi Sugio, Koji Kato, Koichi Akashi, Kosei Matsue, Joaquim Carreras, Naoya Nakamura, Ayako Suzuki, Yutaka Suzuki, Ken Ito, Hiroyuki Shiiba, Shigeru Chiba, Mamiko Sakata‐Yanagimoto

Notice bibliographique

RevueLeukemia · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueLymphoma Diagnosis and Treatment
Établissements canadiensSpinal Cord Injury BC
Organismes subventionnairesDaiichi Sankyo EuropeMoonshot Research and Development ProgramKobayashi Foundation for Cancer ResearchDaiichi Sankyo Foundation of Life ScienceJapan Society for the Promotion of ScienceMinistry of Education, Culture, Sports, Science and TechnologySGH FoundationSENSHIN Medical Research FoundationUniversity of TsukubaYasuda Memorial Medical FoundationJapan Agency for Medical Research and Development
Mots-clésBiologyImmune systemCD8PhenotypeTumor microenvironmentFollicular lymphomaT cellSingle-cell analysisCellImmunologyCancer researchLymphomaGeneGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract T follicular helper (T FH ) cell lymphomas (TFHLs) are characterized by T FH -like properties and accompanied by substantial immune-cell infiltration into tumor tissues. Nevertheless, the comprehensive understanding of tumor-cell heterogeneity and immune profiles of TFHL remains elusive. To address this, we conducted single-cell transcriptomic analysis on 9 lymph node (LN) and 16 peripheral blood (PB) samples from TFHL patients. Tumor cells were divided into 5 distinct subclusters, with significant heterogeneity observed in the expression levels of T FH markers. Copy number variation (CNV) and trajectory analyses indicated that the accumulation of CNVs, together with gene mutations, may drive the clonal evolution of tumor cells towards T FH -like and cell proliferation phenotypes. Additionally, we identified a novel tumor-cell-specific marker, PLS3. Notably, we found a significant increase in exhausted CD8 + T cells with oligoclonal expansion in TFHL LNs and PB, along with distinctive immune evasion characteristics exhibited by infiltrating regulatory T, myeloid, B, and natural killer cells. Finally, in-silico and spatial cell-cell interaction analyses revealed complex networking between tumor and immune cells, driving the formation of an immunosuppressive microenvironment. These findings highlight the remarkable tumor-cell heterogeneity and immunoevasion in TFHL beyond previous expectations, suggesting potential roles in treatment resistance.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,039
Score d'incertitude au seuil0,790

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,235
Écart entre enseignants0,219 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations13
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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