MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4389307403 · doi:10.3390/pr11123364

Biochemical and Functional Characterization by Site-Directed Mutagenesis of a Phospholipase A2 from Scorpio maurus Venom

2023· article· en· W4389307403 sur OpenAlexaff
Najeh Krayem, Mona Alonazi, Bassem Khemakhem, Habib Horchani, Slim Chérif, Aida Karray, Abir Ben Bacha

Notice bibliographique

RevueProcesses · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueVenomous Animal Envenomation and Studies
Établissements canadiensCégep de Rivière-du-Loup
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPhosphatidylethanolamineBiochemistryMutantPhosphatidylcholineActive siteAmino acidTyrosineChemistryPhospholipidPLD2EnzymePhospholipase A2PhosphatidylserineBiologyMembrane

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The study of amino acid interactions in the active site of scorpion venom phospholipases A2 could help to gain insights into the structure–function relationship and the biological activities of the enzyme. In the secreted phospholipase A2 of Scorpio maurus venom glands, Glutamate 63 and Tyrosine 122 amino acids play critical roles in the catalytic mechanism through interactions with residues around the calcium-binding loop. We constructed mutants at these positions by overexpression in Escherichia coli cells. After refolding and purification of recombinant enzymes, we studied their kinetic properties using pH-stat and monolayer techniques. The mutant Glutamate 63–Aspartate (E63D) exhibited a reduced activity, while the second mutant Tyrosine 122–Arginine (Y122R) retained some activity with a 14-fold reduction in catalytic efficiency. However, both mutants remained stable in pH values ranging from 2 to 12 whereas the double mutant D63–R122 was catalytically inactive. Comparative analysis of wild-type and mutant 3-D models showed various modifications of the hydrogen-binding network linking residues Glutamate 63 and Tyrosine 122. These modifications of interactions could explain the reduction in enzymatic activity. The kinetic behavior on phosphatidylcholine and phosphatidylethanolamine monolayers of three mutants was evaluated using a baro-stat system to assess the potential association between the hydrolysis of erythrocyte membrane phospholipids and the enzyme’s capability to penetrate phospholipid monolayers at high surface pressure. Mutants’ kinetic behaviors were similar to the wild-type form with slightly modified specific activities at high surface pressure. All mutants were more active on phosphatidylethanolamine than phosphatidylcholine films at high surface pressure. This study provided new information to further elucidate structure–function relationships of scorpion venom-secreted phospholipases A2 and the design of novel potent drug molecules.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,041
Score d'incertitude au seuil0,364

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,216
Écart entre enseignants0,205 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueProcessesMême sujetVenomous Animal Envenomation and StudiesTravaux en français237 207