An integrated strategy involving high‐throughput sequencing to characterize an unknown GM wheat event in Canada
Notice bibliographique
Résumé
Glyphosate-resistant wheat plants were discovered in southern Alberta in 2017, representing an unauthorized GM release in Canada. The Canadian Food Inspection Agency undertook a series of experiments to characterize and identify this unknown GM wheat, as well as to develop and validate construct-specific and event-specific qPCR assays. Results of PCR-based assays and Sanger sequencing indicated the presence of CaMV 35S promoter (p35S), Rice Actin 1 intron (RactInt1), CP4-EPSPS gene and nopaline synthase terminator (tNOS) elements in the unknown GM wheat. Genome walking and bead capture strategies, combined with high-throughput sequencing, were used to identify the 5' and 3' wheat junctions and the subsequent mapping of the insert to chromosome 3B of the wheat genome. A probable transformation vector, pMON25497, was recognized, and further testing identified the unknown GM wheat as MON71200 event, one of two events obtained with the pMON25497 vector. The two construct-specific assays targeted the junctions of the RactInt1 and the CP4-EPSPS elements and the CP4-EPSPS and tNOS elements, while the event-specific assay was located at the 3' junction into the wheat genome. Both construct-specific and event-specific assays had limits of detection of 0.10% of MON71200 in a seed pool. As expected, the two construct-specific assays cross-reacted with other wheat and corn events containing the same elements in the same order. No cross-reactivity was observed for the event-specific assay. The integrated strategy employed in this study can serve as a model for other cases when facing similar challenges involving unknown GM events.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».