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Enregistrement W4389410269 · doi:10.1101/2023.12.04.569987

Diversity of Insecticidal PA1b Homologs among Legume Seeds from Middle Eastern Region

2023· preprint· en· W4389410269 sur OpenAlexfundno aff
Fatima Diya, Hubert Charles, Agnès Vallier, Lamis Karaki, Linda Kfoury, Carlos Henrique Tomich de Paula da Silva, F. A. Rizk

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBiochemical and Structural Characterization
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesInstitut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'EnvironnementInstitut National des Sciences Appliquées de LyonUniversité LibanaiseAgence Universitaire de la FrancophonieIndian National Science Academy
Mots-clésFabaceaeBiologyLegumeSubfamilyPhylogenetic treePisumSativumStorage proteinGenePhylogeneticsEvolutionary biologyBotanyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Legumes play a central role in various food systems, with significant socio-economic and environmental impacts. Their high protein content, composed mainly of globulins and albumins, makes them valuable for human food and animal feed. Among the albumins, is Pea Albumin 1 b (PA1b), a 37 amino acid peptide, extracted from the seeds of the pea Pisum sativum . The protein displays the knottin scaffold and exhibits potent insecticidal activity against certain insects including cereal weevils and mosquitoes. This toxicity is attributed to the coexistence of several isoforms in peas. The natural diversity of PA1b-like molecules within the legume species of the Fabaceae family has been studied using various molecular, biochemical, and bioinformatic tools. Several A1 genes coding for this peptide have been characterized in soybeans, bean, barrel medick and other legume species. The aim of is study is to precisely characterize partial A1 genes in legumes of the Faboideae subfamily from the Middle East region using PCR homology. Specifically, the research focuses on the sequence structure of Pea Albumin 1 b (PA1b) variants and establishes phylogenetic relationships between these sequences and publicly available A1b homologs. The toxic effects of seed flour containing PA1b-like molecules are assessed, demonstrating that the newly characterized PA1b homologs retain structural conservation. The study observes both conservation and diversification among A1b homologs, consistent with the divergence of lineages within the Fabaceae family. The toxic effects associated with putative A1b molecules are found across different species and within the same species from different geographical origins. In particular, novel candidates such as Vicia sativa and Medicago minima show promising insecticidal A1b activity. Further analysis of isoforms from these species, including an examination of their expression in different tissues and organs should be undertaken to facilitate the potential use of A1b molecules in agricultural practice.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,023
Tête enseignante GPT0,198
Écart entre enseignants0,175 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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