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Enregistrement W4389508630 · doi:10.1101/2023.12.08.570814

APE1 associates with 60S ribosomes and tRNAs and regulates the expression of IGF2BP1

2023· preprint· en· W4389508630 sur OpenAlexafffund
Wai Ming Li, Belal Tafech, Chow H. Lee

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA modifications and cancer
Établissements canadiensUniversity of Northern British Columbia
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of Canada
Mots-clésCytoplasmDNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyaseBiologyAP siteRibosomeSubcellular localizationGene knockdownTranslation (biology)Cell biologyEndonucleaseMolecular biologyDNA repairDNACell cultureMessenger RNARNABiochemistryGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Apurinic/apyrimidinic endonuclease 1 (APE1), a multifunctional protein known for its DNA repair function and redox regulation, is often found overexpressed in cancers. APE1 can be found in the nucleus, cytoplasm and secreted extracellularly. APE1 subcellular distribution in the cytoplasm is frequently reported in various types of cancer but the biological significance remains unknown. In this study, APE1 in the cytoplasm of HepG2 cells was investigated using various techniques including microscopy, differential centrifugation, sucrose gradient fractionation and CL-IP. APE1 was found to associate with 60S ribosomes and tRNAs under native conditions, suggesting it may have a specific function in the translational machinery. Knockdown of APE1 in HepG2 cells led to increased protein expression of IGF2BP1 as well as enhanced HepG2 cell migration, suggesting that APE1 can act as a tumor suppressor in this cell line model of hepatocellular carcinoma. When APE1 was depleted, the translation of a reporter construct containing the 3’UTR of IGF2BP1 was enhanced. This study provides evidence in support of the role of cytoplasmic APE1 in the control of IGF2BP1 protein translation and sheds light on the potential novel function of cytoplasmic APE1.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,215
Écart entre enseignants0,204 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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