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Enregistrement W4389565713 · doi:10.1101/2023.12.08.23299726

Evaluation of FluSight influenza forecasting in the 2021-22 and 2022-23 seasons with a new target laboratory-confirmed influenza hospitalizations

2023· preprint· en· W4389565713 sur OpenAlexaff
Sarabeth M. Mathis, Alexander E. Webber, Tomás M. León, Erin L. Murray, Monica Sun, Lauren A. White, Logan Brooks, Alden Green, Addison J. Hu, Daniel J. McDonald, Roni Rosenfeld, Dmitry Shemetov, Ryan J. Tibshirani, Sasikiran Kandula, Sen Pei, Jeffrey Shaman, Rami Yaari, Teresa K. Yamana, Pulak Agarwal, Srikar Balusu, Gautham Gururajan, Harshavardhan Kamarthi, B. Aditya Prakash, Rishi Raman, Alexander Rodríguez, Zhiyuan Zhao, Akilan Meiyappan, Shalina Omar, Prasith Baccam, Heidi Gurung, Steve A. Stage, Brad T. Suchoski, Marco Ajelli, Allisandra G. Kummer, Maria Litvinova, Paulo C. Ventura, Spencer Wadsworth, Jarad Niemi, Erica Carcelen, Alison L. Hill, Sung-mok Jung, Joseph C. Lemaitre, Justin Lessler, Sara L. Loo, Clifton McKee, K.T. Sato, Claire P. Smith, Shaun Truelove, Thomas McAndrew, Wenxuan Ye, Nikos I Bosse, William S. Hlavacek, Yen Ting Lin, Abhishek Mallela, Ye Chen, Shelby M. Lamm, Jaechoul Lee, Richard G. Posner, Amanda C. Perofsky, Cécile Viboud, Leonardo Clemente, Fred Lu, Austin G. Meyer, Mauricio Santillana, Matteo Chinazzi, Jessica T. Davis, Kunpeng Mu, Ana Pastore y Piontti, Alessandro Vespignani, Xinyue Xiong, M. Ben-Nun, Pete Riley, James Turtle, Chis Hulme-Lowe, Shakeel Jessa, VP Nagraj, Stephen Turner, Desiree Williams, Avranil Basu, John M. Drake, Spencer J. Fox, Graham Casey Gibson, Ehsan Suez, Edward W. Thommes, M Cojocaru, Estee Y. Cramer, Aaron Gerding, Ariane Stark, Evan L Ray, Nicholas G Reich, Li Shandross, Nutcha Wattanachit, Yijin Wang, Martha Zorn, Majd Al Aawar, Ajitesh Srivastava, Lauren Ancel Meyers, Aniruddha Adiga, Benjamin Hurt, Gursharn Kaur, Bryan Lewis, Madhav Marathe, Srinivasan Venkatramanan, P. J. Butler, Andrew Farabow, Nikhil Muralidhar, Naren Ramakrishnan, Carrie Reed, Matthew Biggerstaff, Rebecca K. Borchering

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueInfluenza Virus Research Studies
Établissements canadiensUniversity of GuelphUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesCenters for Disease Control and PreventionResearch Institute, Georgia Institute of TechnologyCouncil of State and Territorial EpidemiologistsNational Institutes of HealthNational Science Foundation
Mots-clésVirologySeasonal influenzaCoronavirus disease 2019 (COVID-19)MedicineEnvironmental healthInternal medicineInfectious disease (medical specialty)Disease

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Accurate forecasts can enable more effective public health responses during seasonal influenza epidemics. Forecasting teams were asked to provide national and jurisdiction-specific probabilistic predictions of weekly confirmed influenza hospital admissions for one through four weeks ahead for the 2021-22 and 2022-23 influenza seasons. Across both seasons, 26 teams submitted forecasts, with the submitting teams varying between seasons. Forecast skill was evaluated using the Weighted Interval Score (WIS), relative WIS, and coverage. Six out of 23 models outperformed the baseline model across forecast weeks and locations in 2021-22 and 12 out of 18 models in 2022-23. Averaging across all forecast targets, the FluSight ensemble was the 2 nd most accurate model measured by WIS in 2021-22 and the 5 th most accurate in the 2022-23 season. Forecast skill and 95% coverage for the FluSight ensemble and most component models degraded over longer forecast horizons and during periods of rapid change. Current influenza forecasting efforts help inform situational awareness, but research is needed to address limitations, including decreased performance during periods of changing epidemic dynamics.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,006
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,006
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,036
Score d'incertitude au seuil0,071

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0060,006
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,162
Tête enseignante GPT0,395
Écart entre enseignants0,233 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations7
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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