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Enregistrement W4389578921 · doi:10.1136/bmjophth-2023-001346

Evaluating the long-term biological stability of cytokine biomarkers in ocular fluid samples

2023· article· en· W4389578921 sur OpenAlexaff
Tina Felfeli, Jeff Park, Bret Nestor, Filiberto Altomare, Amandeep Rai, Efrem D. Mandelcorn, David R. Chow, David T. Wong

Notice bibliographique

RevueBMJ Open Ophthalmology · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueRetinal and Macular Surgery
Établissements canadiensToronto Western HospitalUniversity Health NetworkKensington HealthSt. Michael's HospitalUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiomarkerCytokineMedicineAqueous humorMultiplexAqueous humourOphthalmologyImmunologyChemistryBiologyBioinformaticsBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

PURPOSE: The quality of biological fluid samples is vital for optimal preanalytical procedures and a requirement for effective translational biomarker research. This study aims to determine the effects of storage duration and freeze-thawing on the levels of various cytokines in the human aqueous humour and vitreous samples. METHODS AND ANALYSIS: Human ocular aqueous humour and vitreous samples were obtained from 25 eyes and stored at -80°C for analysis. All samples were assayed for 27 cytokine biomarker concentrations (pg/mL) using a multiplex assay. Four sample storage durations following sample collection were evaluated (1 week, 3 months, 9 months and 15 months). Additionally, samples underwent up to three freeze-thaw cycles within the study period. RESULTS: Among the 27 cytokine biomarkers, concentrations of four cytokines (Interleukin (IL)-2, IL-10, IL-12 and platelet-derived growth factor-BB) were significantly decreased by storage duration at all time points, as early as 3 months following sample collection (range of 9%-37% decline between 1 week and 15 months, p<0.001). Freeze-thawing of up to three cycles did not significantly impact the cytokine biomarker concentrations in aqueous humour or vitreous. Separability of patient-specific cytokine biomarker profiles in the principal component analysis remained relatively the same over the 15 months of storage duration. CONCLUSION: The findings from this study suggest that several intraocular cytokine biomarkers in human aqueous humour and vitreous samples may be susceptible to degradation with long-term storage, as early as 3 months after collection. The overall patient-specific cytokine biomarker profiles are more stable than concentrations of individual cytokines. Future studies should focus on developing guidelines for optimal and standardised sample handling methods to ensure correct research findings about intraocular biomarkers are translated into clinical practice.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,017

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,348
Tête enseignante GPT0,488
Écart entre enseignants0,139 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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