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Enregistrement W4389849063 · doi:10.1101/2023.12.15.571924

Hybrid adaptation is hampered by Haldane’s sieve

2023· preprint· en· W4389849063 sur OpenAlexaff
Carla Bautista, Isabelle Gagnon‐Arsenault, Mariia Utrobina, Anna Fijarczyk, Devin P. Bendixsen, Rike Stelkens, Christian R. Landry

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEvolution and Genetic Dynamics
Établissements canadiensUniversité LavalPROTEO
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyHybridGeneticsAdaptation (eye)Loss of heterozygosityFixation (population genetics)Dominance (genetics)Genetic architectureGeneGenotypeAllelePhenotypeEvolutionary biology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Hybrids between species exhibit plastic genomic architectures that foster phenotypic diversity. Their genomic instability also incurs costs, potentially limiting adaptation. When challenged to evolve in an environment containing a UV mimetic drug, yeast hybrids have reduced adaptation rates compared to parents. We hypothesized that this reduction could result from a faster accumulation of genomic changes, but we found no such association. Alternatively, we proposed that hybrids might lack access to adaptive mutations occurring in the parents, yet, we identified mutations in the same genes ( PDR1 and YRR1 ), suggesting similar molecular adaptation mechanisms. However, mutations in these genes tended to be homozygous in the parents but heterozygous in the hybrids. We hypothesized that a lower rate of loss of heterozygosity (LOH) in hybrids could limit fitness gain. Using genome editing, we demonstrated that mutations display incomplete dominance, requiring homozygosity to show full impact and to circumvent Haldane’s sieve, which favors the fixation of dominant mutations. We used frozen ‘fossils’ to track genotype frequency dynamics and confirmed that LOH occurs at a slower pace in hybrids than in parents. Together, these findings show that Haldane’s sieve slows down adaptation in hybrids, revealing an intrinsic constraint of hybrid genomic architecture that can limit the role of hybridization in adaptive evolution.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,222
Écart entre enseignants0,208 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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