Chromosome-level genome assembly of the Pacific geoduck <i>Panopea generosa</i> reveals major inter- and intrachromosomal rearrangements and substantial expansion of the copine gene family
Notice bibliographique
Résumé
The Pacific geoduck Panopea generosa (class Bivalvia, order Adapedonta, family Hiatellidae, genus Panopea) is the largest known burrowing bivalve with considerable commercial value. Pacific geoduck and other geoduck clams play important roles in maintaining ecosystem health for their filter feeding habit and coupling pelagic and benthic processes. Here, we report a high-quality chromosome-level genome assembly of P. generosa to characterize its phylogeny and molecular mechanisms of its life strategies. The assembled P. generosa genome consists of 19 chromosomes with a size of 1.47 Gb, a contig N50 length of 1.6 Mb, and a scaffold N50 length of 73.8 Mb. The BUSCO test of the genome assembly showed 93.0% completeness. Constructed chromosome synteny revealed many occurrences of inter- and intrachromosomal rearrangements between P. generosa and Sinonovacula constricta. Of the 35,034 predicted protein-coding genes, 30,700 (87.6%) could be functionally annotated in public databases, indicating the high quality of genome annotation. Comparison of gene copy numbers of gene families among P. generosa and 11 selected species identified 507 rapidly expanded P. generosa gene families that are functionally enriched in immune and gonad development and may be involved in its complex survival strategies. In particular, genes carrying the copine domains underwent additional duplications in P. generosa, which might be important for neuronal development and immune response. The availability of a fully annotated chromosome-level genome provides a valuable dataset for genetic breeding of P. generosa.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».