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Enregistrement W4390607948 · doi:10.21203/rs.3.rs-3737244/v1

OAS Gene Family Expression is Associated with Clinical Outcomes in Human Cancers

2024· preprint· en· W4390607948 sur OpenAlexaff
Bagdad Ahmed, Easin Uddin Syed, Eva Rahman Kabir, Zarin Tasnim Tisha, Osama Bin Abu Bakar, Forhad Bin Faruk, M. Zulfiquer Hossain

Notice bibliographique

RevueResearch Square · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
Thématiqueinterferon and immune responses
Établissements canadiensMontreal Clinical Research Institute
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésCarcinogenesisCancer researchBiologyAdenocarcinomaKidney cancerRenal cell carcinomaBiomarkerCancerThymomaPathologyMedicineImmunologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The 2’, 5’-oligoadenylate synthetase (OAS) gene family plays an active role in antiviral immunity. Given their role in apoptosis and autoimmunity, aberrant expression of the OAS genes has been implicated in carcinogenesis. However, there has been minimal investigation of their potential role in tumorigenesis. Therefore, in this study, we used data from publicly available databases to examine the expression pattern of the OAS genes in different cancer tissues compared to normal tissues. The expression of the OAS genes was elevated in ten different cancer types. We observed significant association between the expression level of the OAS genes and overall survival (OS) in adrenocortical carcinoma (ACC), bladder urothelial carcinoma (BLCA), lower grade glioma (LGG), lung adenocarcinoma (LUAD), kidney renal papillary cell carcinoma (KIRP), pancreatic adenocarcinoma (PAAD), skin cutaneous melanoma (SKCM), kidney chromophobe (KICH), kidney renal cell carcinoma (KIRC), and thymoma (THYM). We also found interesting correlations between OAS gene expression and clinicopathological features, pathway enrichment, genetic alteration, copy number variations (CNVs), CD8 + T immune cell infiltration, and tumor purity in different cancers. Collectively, our findings indicate the potential utility of using the OAS family both as a diagnostic and prognostic biomarker and a therapeutic target in relevant cancers and contribute valuable insights into the intersection of cancer biology and treatment strategies.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,115
Tête enseignante GPT0,458
Écart entre enseignants0,343 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
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Résumé présentoui

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