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Enregistrement W4390751827 · doi:10.1038/s41467-023-44211-0

IgM N-glycosylation correlates with COVID-19 severity and rate of complement deposition

2024· article· en· W4390751827 sur OpenAlexaff
Benjamin Haslund-Gourley, Kyra Woloszczuk, Jintong Hou, Jennifer Connors, Gina Cusimano, Matthew R. Bell, Bhavani Taramangalam, Slim Fourati, Nathan Mege, Mariana Bernui, Matthew C. Altman, Florian Krammer, Harm van Bakel, Al Ozonoff, Lauren I. R. Ehrlich, Esther Melamed, Ana Fernández-Sesma, Viviana Simon, Bali Pulendran, Kari C. Nadeau, Mark M. Davis, Grace A. McCoey, Rafick‐Pierre Sékaly, Lindsey R. Baden, Ofer Levy, Joanna Schaenman, Elaine F. Reed, Albert C. Shaw, David A. Hafler, Ruth R. Montgomery, Steven H. Kleinstein, Patrice M. Becker, Alison D. Augustine, Carolyn S. Calfee, David J. Erle, Michael E. DeBakey, David B. Corry, Mark A. Atkinson, Scott C. Brakenridge, Nelson Iván Agudelo Higuita, Jordan P. Metcalf, Catherine L. Hough, William B. Messer, Monica Kraft, Chris Bime, Bjoern Peters, Carly E. Milliren, Caitlin Syphurs, Kerry McEnaney, Brenda Barton, Claudia Lentucci, Mehmet Saluvan, Ana C. Chang, Annmarie Hoch, Albert Marisa, Tanzia Shaheen, Alvin T. Kho, Shanshan Liu, Sanya Thomas, Jing Chen, Maimouna D. Murphy, Mitchell Cooney, Arash Nemati Hayati, Robert W. Bryant, James Abraham, Naresh Doni Jayavelu, Scott Presnell, Tomasz Jancsyk, Cole Maguire, Jingjing Qi, Brian Lee, Denise Esserman, Leying Guan, Jeremy P. Gygi, Shrikant Pawar, Anderson F. Brito, Gabriela K. Fragiadakis, Ravi K. Patel, James A. Overton, Randi Vita, Kerstin Westendorf, Casey P. Shannon, Scott J. Tebbutt, Rama Thyagarajan, Justin F. Rousseau, Dennis Wylie, Todd Triplett, Erna Milunka Kojic, R. Sharon Chinthrajah, Neera Ahuja, Angela J. Rogers, Maja Artandi, Linda N. Geng, George A. Yendewa, Debra Powell, James N. Kim, Brent Simmons, I. Michael Goonewardene, Cecilia M. Smith, Mark G. Martens, Amy C Sherman, Stephen R. Walsh, Nicolas C. Issa, Ramin Salehi‐Rad, Charles S. Dela Cruz, Shelli Farhadian, Akiko Iwasaki, Albert I. Ko, Evan J. Anderson, Aneesh K. Mehta, Jonathan Sevransky, Vicki Seyfert‐Margolis, Aleksandra Leligdowicz, Michael A. Matthay, Jonathan P. Singer, Kirsten N. Kangelaris, Carolyn M. Hendrickson, Matthew F. Krummel, Charles Langelier, Prescott G. Woodruff, Matthew Lee Anderson, Faheem W. Guirgis, Douglas A. Drevets, Brent R. Brown, Sarah Siegel, Zhengchun Lu, Jarrod Mosier, Hiroki Kimura, Bernard Khor, Adeeb Rahman, Daniel Stadlbauer, Jayeeta Dutta, Hui Xie, Seunghee Kim‐Schulze, Ana S. Gonzalez‐Reiche, Adriana van de Guchte, Juan Manuel Carreño, Gagandeep Singh, Ariel Raskin, Johnstone Tcheou, Dominika Bielak, Hisaaki Kawabata, Geoffrey Kelly, Manishkumar Patel, Kai Nie, Temima Yellin, M. Fried, Leeba Sullivan, Sara Morris, Scott F. Sieg, Hanno Steen, Patrick van Zalm, Benoit Fatou, Kevin Mendez, Jessica Lasky‐Su, Scott R. Hutton, Gregory A. Michelotti, Kari E. Wong, Meenakshi Jha, Arthur Viodé, Naama Kanarek, Boryana Petrova, Yujiao Zhao, Steven E. Bosinger, Arun K. Boddapati, Greg K. Tharp, Kathryn L. Pellegrini, Elizabeth Beagle, David Cowan, Sydney Hamilton, Susan Pereira Ribeiro, Thomas Hodder, Lindsey B. Rosen, Serena Lee, Michael R. Wilson, Ravi Dandekar, Bonny D. Alvarenga, Jayant V. Rajan, Walter L. Eckalbar, Andrew Schroeder, Alexandra Tsitsiklis, Eran Mick, Yanedth Sanchez Guerrero, Christina Love, Lenka Maliskova, Michael Adkisson, Nadia Siles, Janelle N. Geltman, Kerin Hurley, Miti Saksena, Deena R. Altman, Komal Srivastava, Lily Eaker, Maria C. Bermúdez‐González, Katherine F. Beach, Levy A. Sominsky, Arman R. Azad, Lubbertus C. F. Mulder, Giulio Kleiner, Alexandra S. Lee, Evan Do, Andrea Fernandes, Monali Manohar, Thomas Hagan, Catherine A. Blish, Hena Din, Jonasel Roque, Samuel Yang, Natalia Sigal, Iris Chang, Heather Tribout, Paul Harris, Mary Consolo, Carolyn Pope Edwards, Edward Lee, Edward H. Lin, Brett Croen, Nicholas C. Semenza, Brandon Rogowski, Nataliya Melnyk, Sara Furukawa, Renee McLin, Pamela Schearer, Julie Sheidy, George P. Tegos, Crystal Nagle, Kinga K. Smolen, Michaël Desjardins, Simon D. van Haren, Xhoi Mitre, Jessica Cauley, Xiaofang Li, Alexandra Tong, Bethany Evans, Christina Montesano, Jose Humberto Licona, Jonathan Krauß, Jun Bai Park Chang, Natalie Izaguirre, Rebecca Rooks, David Elashoff, Jenny Brook, Estefania Ramires‐Sanchez, Megan Llamas, Adreanne Rivera, Claudia Perdomo, Dawn C. Ward, Clara E. Magyar, Jennifer A. Fulcher, Harry Pickering, Subha Sen, Omkar Chaudhary, Andreas Coppi, John Fournier, Subhasis Mohanty, Catherine Muenker, Allison Nelson, Khadir Raddassi, Michael Rainone, William Ruff, Syim Salahuddin, Wade L. Schulz, Pavithra Vijayakumar, Haowei Wang, Elsio A. Wunder, H. P. Young, Jessica E. Rothman, Anna Konstorum, Ernie Chen, Chris Cotsapas, Nathan D. Grubaugh, Xiaomei Wang, Leqi Xu, Hiromitsu Asashima, Laurel Bristow, Laila Hussaini, Kieffer Hellmeister, Hady Samaha, S. Wimalasena, Andrew Cheng, Christine Spainhour, Erin M. Scherer, Brandi Johnson, Amer Bechnak, Caroline Ciric, Lauren T. Hewitt, Erin Carter, Nina McNair, Bernadine Panganiban, Christopher Huerta, Jacob Usher, Tatyana Vaysman, Steven M. Holland, Yumiko Abe‐Jones, Saurabh Asthana, Alexander J. Beagle, Sharvari Bhide, Sidney Carrillo, Suzanna Chak, Rajani Ghale, Ana Gonzalez, Alejandra Jáuregui, Norman L. Jones, Tasha Lea, Deanna Lee, Raphael Lota, Jeff Milush, Viet Nguyen, Logan Pierce, Priya A. Prasad, Arjun A. Rao, Bushra Samad, Cole Shaw, Austin Sigman, Pratik Sinha, Alyssa Ward, Andrew Willmore, Jenny Zhan, Sadeed Rashid, Nicklaus Rodriguez, Kevin Tang, Luz Torres Altamirano, Legna Betancourt, Cindy Curiel, Nicole Sutter, Maria Tercero Paz, Gayelan Tietje-Ulrich, Carolyn Leroux, Neeta Thakur, Joshua Vasquez, Lekshmi Santhosh, Li-Zhen Song, Ebony Nelson, Lyle L. Moldawer, Brittany Borresen, Brittney Roth-Manning, Ricardo Ungaro, Jordan Oberhaus, J. Leland Booth, Lauren A. Sinko, Amanda E. Brunton, Peter E. Sullivan, Matthew Strnad, Zoë L. Lyski, Felicity J. Coulter, Courtney Micheleti, Michelle Conway, David Francisco, Allyson Molzahn, Heidi L. Erickson, Connie Cathleen Wilson, Ron Schunk, Bianca Sierra, Trina Hughes, Holden T. Maecker, Nadine Rouphael, Joann Diray‐Arce, Brian Wigdahl, Michele A. Kutzler, Charles B. Cairns, Elias K. Haddad, Mary Ann Comunale

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueMonoclonal and Polyclonal Antibodies Research
Établissements canadiensPrevention of Organ FailureSt. Paul's Hospital
Organismes subventionnairesNational Heart, Lung, and Blood InstituteNational Institutes of HealthNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesU.S. Department of Veterans AffairsU.S. Department of Health and Human Services
Mots-clésGlycosylationImmunologyImmune systemAntibodyImmunoglobulin MGlycanBiologyImmunoglobulin GComplement systemVirologyGlycoproteinMolecular biologyBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The glycosylation of IgG plays a critical role during human severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection, activating immune cells and inducing cytokine production. However, the role of IgM N-glycosylation has not been studied during human acute viral infection. The analysis of IgM N-glycosylation from healthy controls and hospitalized coronavirus disease 2019 (COVID-19) patients reveals increased high-mannose and sialylation that correlates with COVID-19 severity. These trends are confirmed within SARS-CoV-2-specific immunoglobulin N-glycan profiles. Moreover, the degree of total IgM mannosylation and sialylation correlate significantly with markers of disease severity. We link the changes of IgM N-glycosylation with the expression of Golgi glycosyltransferases. Lastly, we observe antigen-specific IgM antibody-dependent complement deposition is elevated in severe COVID-19 patients and modulated by exoglycosidase digestion. Taken together, this work links the IgM N-glycosylation with COVID-19 severity and highlights the need to understand IgM glycosylation and downstream immune function during human disease.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,042
Tête enseignante GPT0,385
Écart entre enseignants0,343 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations28
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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