<i>Sodalinema</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract So.da.li.ne.ma. Gr. neut. n. nêma , filament; N.L. neut. n. Sodalinema , the name of the genus referring to alkaline‐saline habitats where this cyanobacterium was found (soda lake) and to the cyanobacterium morphology. The Phormidium genus has been described as one of the most difficult phylogenetic lineages to resolve, with over 200 identified species representing distinct polyphyletic groups, including multiple strains intermingled with the genus Sodalinema . In this article, we attempt to address this inconsistency by describing and differentiating the genus Sodalinema from the other taxonomic lineage previously named Phormidium , using the Genome Taxonomy Database as a framework for data‐driven classification. This genus contains 64 strains, including 5 strains with high‐quality isolate genomes, 9 strains with associated metagenome‐assembled genomes, and 50 additional strains represented by small subunit ribosomal RNA gene sequences. Many of these strains have been identified as having potential for biotechnological applications and grow in high‐density biofilms. Members of the Sodalinema genus are filamentous cyanobacterium with straight, cylindrical, and unbranched trichomes. They perform oxygenic photosynthesis, with some strains capable of nonheterocystous nitrogen fixation and phototaxis. Colonies typically exist in the form of biofilms or microbial mats, growing either attached or floating, and have been observed globally in a variety of habitats, ranging from freshwater, marine, and high‐salinity environments (1.6–234 g/l total salinity), pH from neutral to 11.2, and temperatures up to 50°C. Strains are commonly isolated from high‐salinity soda lakes or salt marshes with no identified biosynthesis of cyanobacterial toxins. DNA G + C content (mol %) : 51.1–53.4. Type species : Sodalinema komarekii Cellamare et al. 2018. Taxonomic and Nomenclature Notes According to the List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), the taxonomic status of the genus Sodalinema is: correct name (last update, February 2025) * . LPSN classification: Bacteria / Bacillati / Cyanobacteriota / Cyanophyceae / Oscillatoriales / Oscillatoriaceae / Sodalinema The genus Sodalinema can also be recovered in the Genome Taxonomy Database (GTDB) as g__Sodalinema (version v220) ** . GTDB classification: d__Bacteria / p__Cyanobacteriota / c__Cyanobacteriia / o__Cyanobacteriales / f__Geitlerinemaceae / g__Sodalinema * Meier‐Kolthoff et al. ( 2022 ). Nucleic Acids Res , 50 , D801 – D807 ; DOI: 10.1093/nar/gkab902 ** Parks et al. ( 2022 ). Nucleic Acids Res , 50 , D785 – D794 ; DOI: 10.1093/nar/gkab776
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,010 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».