CO-PILOT: Dynamic Top-Down Point Cloud with Conditional Neighborhood Aggregation for Multi-Gigapixel Histopathology Image Representation
Notice bibliographique
Résumé
Predicting survival rates based on multi-gigapixel histopathology images is one of the most challenging tasks in digital pathology. Due to the computational complexities, Multiple Instance Learning (MIL) has become the conventional approach for this process as it breaks the image into smaller patches. However, this technique fails to account for the individual cells present in each patch, while they are the fundamental part of the tissue. In this work, we developed a novel dynamic and hierarchical point-cloud-based method (CO-PILOT) for the processing of cellular graphs extracted from routine histopathology images. By using bottom-up information propagation and top-down conditional attention, our model gains access to an adaptive focus across different levels of tissue hierarchy. Through comprehensive experiments, we demonstrate that our model can outperform all the state-of-the-art methods in survival prediction, including the hierarchical Vision Transformer (ViT), across three datasets and four metrics with only half of the parameters of the closest baseline. Importantly, our model is able to stratify the patients into different risk cohorts with statistically different outcomes across three large datasets, a task that was previously achievable only using genomic information. Furthermore, we publish a large dataset containing 873 cellular graphs from 188 patients, along with their survival information, making it one of the largest publicly available datasets in this context.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».