Abstract C109: Nanostring-based subtyping of pancreatic ductal adenocarcinoma is strongly influenced by the stromal compartment
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The prognostic significance of basal-like and classical subtypes of pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) is well-established, and ongoing clinical trials are poised to validate the predictive utility of such subtypes in guiding first-line treatment decision-making. While the Purity-independent (PurIST)-based subtyping strategy provides a method for PDAC subtype determination based on the Nanostring gene expression quantification platform, the utility of this platform has not been tested in a real-world patient setting. Here, we leverage a retrospective dataset of patients with resectable PDAC (n=299) that received Nanostring sequencing in combination with comprehensive clinical metadata curation and histopathological analysis. All sequencing analyses were performed using formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tumor whole sections. The proportion of basal-like cases (15%) was comparable with other resectable PDAC cohorts, and patients with basal-like tumors showed reduced overall survival (p=3.9e-4). Histopathological quantification of epithelial, stromal and normal components in each sample revealed significantly (p=0.007) reduced classical gene expression in stroma-high samples. Out of 29 patients with repeat sampling from different FFPE blocks derived from the same tumor and surgery, 31% of tumors received discordant subtypes calls and increases in the amount of stroma sequenced between two samples from the same tumor was negatively correlated with expression of classical subtype genes (p=0.02). Taken together, these data demonstrate the presence of intra-tumoral subtype heterogeneity, highlight the quantity of stroma sequenced as a major contributing factor in PurIST-based subtype determination and generate insight into the reproducibility of this subtyping strategy in a real-world clinical setting. Citation Format: James T. Topham, Steve E. Kalloger, Joanna M. Karasinska, Jenny E. Chu, Hassan Ali, Dongxia Gao, Christine Chow, Andrew Metcalfe, Jonathan M. Loree, David F. Schaeffer, Daniel J. Renouf. Nanostring-based subtyping of pancreatic ductal adenocarcinoma is strongly influenced by the stromal compartment [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference in Cancer Research: Pancreatic Cancer; 2023 Sep 27-30; Boston, Massachusetts. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2024;84(2 Suppl):Abstract nr C109.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».