Anti-Cancer Peptides Identification and Activity Type Classification With Protein Sequence Pre-Training
Notice bibliographique
Résumé
Cancer remains a significant global health challenge, responsible for millions of deaths annually. Addressing this issue necessitates the discovery of novel anti-cancer drugs. Anti-cancer peptides (ACPs), with their unique ability to selectively target cancer cells, offer new hope in discovering low side-effect anti-cancer drugs. However, the process of discovering novel ACPs is both time-consuming and costly. Therefore, there is an urgent need for a computational method that can predict whether a given peptide is an ACP and classify its specific functional types. In this paper, we introduce DUO-ACP, a model serving dual roles in ACP prediction: identification and functional type classification. DUO-ACP employs two embedding modules to acquire knowledge about global protein features and local ACP characteristics, complemented by a prediction module. When assessed on two publicly available datasets for each task, DUO-ACP surpasses all existing methods, achieving outstanding results: an ACP identification accuracy of 89.5% and a Macro-averaged AUC of 88.6% in ACP functional type classification. We further interpret the contribution of each part of our model, including the two types of embeddings as well as ensemble learning. On a new curated dataset, the prediction results of DUO-ACP closely match existing literature, highlighting DUO-ACP's generalization capabilities on previously unseen data and displaying the potential capability of discovering novel ACP.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».