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Enregistrement W4391476405 · doi:10.1038/s41467-024-45246-7

Molecular-level architecture of Chlamydomonas reinhardtii’s glycoprotein-rich cell wall

2024· article· en· W4391476405 sur OpenAlexafffund
Alexandre Poulhazan, Alexandre A. Arnold, Frédéric Mentink‐Vigier, Artur Muszyński, Parastoo Azadi, Adnan Halim, Sergey Y. Vakhrushev, Hiren J. Joshi, Tuo Wang, Dror E. Warschawski, Isabelle Marcotte

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineEnergy
ThématiqueAlgal biology and biofuel production
Établissements canadiensUniversité du Québec à Montréal
Organismes subventionnairesDivision of Materials ResearchFonds de recherche du Québec – Nature et technologiesU.S. Department of Health and Human ServicesBasic Energy SciencesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaOffice of ScienceCenters for Disease Control and PreventionNovo Nordisk FondenCentre National de la Recherche ScientifiqueNational Institute of General Medical SciencesHigh Magnetic Field Laboratory, Chinese Academy of SciencesNational High Magnetic Field LaboratoryNovo NordiskDanmarks GrundforskningsfondNational Research FoundationWind Energy Technologies OfficeGovernment of CanadaMizutani Foundation for GlycoscienceNational Science FoundationUniversität zu KölnWashington University in St. LouisNational Institutes of HealthU.S. Department of EnergyVillum Fonden
Mots-clésChlamydomonas reinhardtiiCell wallGlycanChlamydomonasCelluloseBiophysicsChemistryPolysaccharideGlycoproteinBiochemistryNanotechnologyBiologyMaterials scienceGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Microalgae are a renewable and promising biomass for large-scale biofuel, food and nutrient production. However, their efficient exploitation depends on our knowledge of the cell wall composition and organization as it can limit access to high-value molecules. Here we provide an atomic-level model of the non-crystalline and water-insoluble glycoprotein-rich cell wall of Chlamydomonas reinhardtii. Using in situ solid-state and sensitivity-enhanced nuclear magnetic resonance, we reveal unprecedented details on the protein and carbohydrate composition and their nanoscale heterogeneity, as well as the presence of spatially segregated protein- and glycan-rich regions with different dynamics and hydration levels. We show that mannose-rich lower-molecular-weight proteins likely contribute to the cell wall cohesion by binding to high-molecular weight protein components, and that water provides plasticity to the cell-wall architecture. The structural insight exemplifies strategies used by nature to form cell walls devoid of cellulose or other glycan polymers.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,013
Score d'incertitude au seuil0,025

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,274
Écart entre enseignants0,255 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations34
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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