Whole genome sequence of Vibrio cholerae NB-183 isolated from freshwater in Ontario, Canada harbors a unique gene repertoire
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: Vibrio cholerae is an enteric pathogen that poses a significant threat to global health. It causes severe dehydrating diarrheal disease cholera in humans. V. cholerae could be acquired either from consuming contaminated seafood or direct contact with polluted waters. As part of a larger program that assesses the microbial community profile in aquatic systems, V. cholerae strain NB-183 was isolated and characterized using a combination of culture- and whole-genome sequencing-based approaches. DATA DESCRIPTION: Here we report the assembled and annotated whole-genome sequence of a V. cholerae strain NB-183 isolated from a recreational freshwater lake in Ontario, Canada. The genome was sequenced using short-read Illumina systems. The whole-genome sequencing yielded 4,112,549 bp genome size with 99 contigs with an average genome coverage of 96× and 47.42% G + C content. The whole genome-based comparison, phylogenomic and gene repertoire indicates that this strain harbors multiple virulence genes and biosynthetic gene clusters. This genome sequence and its associated datasets provided in this study will be an indispensable resource to enhance the understanding of the functional, ecological, and evolutionary dynamics of V. cholerae.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».