Microbiomes of Thalassia testudinum throughout the Atlantic Ocean, Caribbean Sea, and Gulf of Mexico are influenced by site and region while maintaining a core microbiome
Notice bibliographique
Résumé
Plant microbiomes are known to serve several important functions for their host, and it is therefore important to understand their composition as well as the factors that may influence these microbial communities. The microbiome ofThalassia testudinumhas only recently been explored, and studies to-date have primarily focused on characterizing the microbiome of plants in a single region. Here, we present the first characterization of the composition of the microbial communities ofT. testudinumacross a wide geographical range spanning three distinct regions with varying physicochemical conditions. We collected samples of leaves, roots, sediment, and water from six sites throughout the Atlantic Ocean, Caribbean Sea, and the Gulf of Mexico. We then analyzed these samples using 16S rRNA amplicon sequencing. We found that site and region can influence the microbial communities ofT. testudinum, while maintaining a plant-associated core microbiome. A comprehensive comparison of available microbial community data fromT. testudinumstudies determined a core microbiome composed of 14 ASVs that consisted mostly of the family Rhodobacteraceae. The most abundant genera in the microbial communities included organisms with possible plant-beneficial functions, like plant-growth promoting taxa, disease suppressing taxa, and nitrogen fixers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».