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Enregistrement W4392157091 · doi:10.1016/j.celrep.2024.113826

The genomic and evolutionary landscapes of anaplastic thyroid carcinoma

2024· article· en· W4392157091 sur OpenAlexafffund
Peter YF. Zeng, Stephenie D. Prokopec, Stephen Y. Lai, Nicole Pinto, Michelle Chan‐Seng‐Yue, Roderick Clifton‐Bligh, Michelle D. Williams, Christopher J. Howlett, Paul Plantinga, Matthew J. Cecchini, Alfred K. Lam, Iram Siddiqui, Jianxin Wang, Ren Sun, John D. Watson, Reju Korah, Tobias Carling, Nishant Agrawal, Nicole A. Cipriani, Douglas W. Ball, Barry D. Nelkin, Lisa M. Rooper, Justin A. Bishop, Cathie Garnis, Ken Berean, Norman G. Nicolson, Paul Weinberger, Ying C. Henderson, Christopher M. Lalansingh, Mao Tian, Takafumi N. Yamaguchi, Julie Livingstone, Adriana Salcedo, Krupal Patel, Frederick S. Vizeacoumar, Alessandro Datti, Xi Liu, Yuri E. Nikiforov, Robert C. Smallridge, John A. Copland, Laura A. Marlow, Martin Hyrcza, Leigh Delbridge, Stan B. Sidhu, Mark Sywak, Bruce Robinson, Kevin Fung, Farhad Ghasemi, Keith Kwan, S. Danielle MacNeil, Adrian Mendez, David A. Palma, Mohammed Imran Khan, Mushfiq Hassan Shaikh, Kara M. Ruicci, Bret Wehrli, Eric Winquist, John Yoo, Joe S. Mymryk, James W. Rocco, David A. Wheeler, Thomas J. Giordano, John W. Barrett, William C. Faquin, Anthony J. Gill, Gary L. Clayman, Paul C. Boutros, Anthony C. Nichols

Notice bibliographique

RevueCell Reports · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueThyroid Cancer Diagnosis and Treatment
Établissements canadiensLondon Health Sciences CentreLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteMount Sinai HospitalCancer Care OntarioHospital for Sick ChildrenUniversity of SaskatchewanWestern UniversityUniversity of TorontoBC Cancer AgencyOntario Institute for Cancer ResearchLawson Health Research InstituteMcMaster University
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteJonsson Comprehensive Cancer CenterCanadian Institutes of Health ResearchUniversity of Texas MD Anderson Cancer CenterPhysicians' Services Incorporated FoundationOntario Genomics InstituteGovernment of CanadaLondon Health Sciences FoundationGovernment of OntarioFlorida Department of HealthInstituto Tecnológico de Costa RicaMayo Foundation for Medical Education and ResearchGenome CanadaNational Institutes of HealthOntario GenomicsMayo Clinic
Mots-clésAnaplastic thyroid cancerThyroid carcinomaThyroid cancerThyroidMalignancyCancer researchBiologyCancerPathologyMedicineGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Anaplastic thyroid carcinoma is arguably the most lethal human malignancy. It often co-occurs with differentiated thyroid cancers, yet the molecular origins of its aggressivity are unknown. We sequenced tumor DNA from 329 regions of thyroid cancer, including 213 from patients with primary anaplastic thyroid carcinomas. We also whole genome sequenced 9 patients using multi-region sequencing of both differentiated and anaplastic thyroid cancer components. Using these data, we demonstrate thatanaplastic thyroid carcinomas have a higher burden of mutations than other thyroid cancers, with distinct mutational signatures and molecular subtypes. Further, different cancer driver genes are mutated in anaplastic and differentiated thyroid carcinomas, even those arising in a single patient. Finally, we unambiguously demonstrate that anaplastic thyroid carcinomas share a genomic origin with co-occurring differentiated carcinomas and emerge from a common malignant field through acquisition of characteristic clonal driver mutations.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,223
Écart entre enseignants0,216 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations73
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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