<i>APOL1</i> variants affect APOL1 plasma protein concentration: a UK Biobank study
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The APOL1 gene is associated with chronic kidney disease progression. Circulating APOL1 protein levels are likely to play a critical role. Using UK Biobank data from 43,330 participants with APOL1 protein concentration levels, we found that individuals self-reporting as Black or Black British individuals had significantly higher serum APOL1 levels than all other ethnicities. To investigate the genetic factors underlying this difference, we explored the impact of APOL1 genotypes and other potential modifiers on circulating APOL1 protein levels. We analysed APOL1 protein concentration data in 1,050 UK Biobank participants of recent sub-Saharan African ancestry, focusing on the APOL1 G1, G2, and N264K variants. APOL1 concentration showed a clear genotype-dependent effect: individuals with the G0/G0 genotype had the lowest levels, heterozygotes (G0/G1 and G0/G2), had intermediate levels, and individuals with the G2/G2 genotype had the highest levels, demonstrating a dose-dependent relationship. The N264K variant reduced protein levels on a G2 background (p = 6 x 10 −5 ). However, even after accounting for genotype, APOL1 protein levels in Black or Black British individuals was still higher than other ethnicities. A genome-wide association study on this population identified no genome-wide significant loci, other than the APOL1 gene itself (p = 3 x 10 −155 ) associated with APOL1 protein levels. Findings confirm APOL1 genotype as the major genetic determinant of circulating protein levels and provide new insights into the potential phenotypic effects of the G1, G2, and N264K variants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».