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Enregistrement W4392302540 · doi:10.1016/j.xgen.2024.100511

Genomic evolution shapes prostate cancer disease type

2024· article· en· W4392302540 sur OpenAlexafffund
Dan J. Woodcock, Atef Sahli, Ruxandra Teslo, Vinayak Bhandari, Andreas Gruber, Aleksandra Ziubroniewicz, Gunes Gundem, Yaobo Xu, Adam P. Butler, Ezequiel Anokian, Bernard J. Pope, Chol‐Hee Jung, Maxime Tarabichi, Stefan C. Dentro, James Henry Royston Farmery, Peter Van Loo, Anne Y. Warren, Vincent J. Gnanapragasam, Freddie C. Hamdy, G. Steven Bova, Christopher S. Foster, David E. Neal, Yong‐Jie Lu, Zsofia Kote‐Jarai, Michael Fraser, Robert G. Bristow, Paul C. Boutros, Anthony J. Costello, Niall M. Corcoran, Christopher M. Hovens, Charlie E. Massie, Andy G. Lynch, Daniel S. Brewer, Rosalind A. Eeles, Colin S. Cooper, David C. Wedge

Notice bibliographique

RevueCell Genomics · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueProstate Cancer Treatment and Research
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteCancer Research UK Cambridge Institute, University of CambridgeNIHR Cambridge Biomedical Research CentreCanadian Institutes of Health ResearchSyöpäjärjestötNational Institutes of HealthH2020 Marie Skłodowska-Curie ActionsMasonic Charitable FoundationSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungProstate Cancer CanadaProstate Cancer UKNational Institute for Health and Care ResearchSigrid Juséliuksen SäätiöNational Cancer Research InstituteRoyal Marsden NHS Foundation TrustNational Health and Medical Research CouncilUniversity of St AndrewsHorizon 2020 Framework ProgrammeAcademy of FinlandUniversity of CambridgeWellcome TrustCancer Research UKHutchison Whampoa LimitedOntario Institute for Cancer ResearchFrancis Crick InstituteMedical Research CouncilCancer Prevention and Research Institute of Texas
Mots-clésProstate cancerCancerBiologyDiseaseComputational biologyProstateSomatic evolution in cancerAndrogen receptorChromoplexyEvolutionary biologyCancer researchGeneticsMedicineInternal medicinePCA3

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The development of cancer is an evolutionary process involving the sequential acquisition of genetic alterations that disrupt normal biological processes, enabling tumor cells to rapidly proliferate and eventually invade and metastasize to other tissues. We investigated the genomic evolution of prostate cancer through the application of three separate classification methods, each designed to investigate a different aspect of tumor evolution. Integrating the results revealed the existence of two distinct types of prostate cancer that arise from divergent evolutionary trajectories, designated as the Canonical and Alternative evolutionary disease types. We therefore propose the evotype model for prostate cancer evolution wherein Alternative-evotype tumors diverge from those of the Canonical-evotype through the stochastic accumulation of genetic alterations associated with disruptions to androgen receptor DNA binding. Our model unifies many previous molecular observations, providing a powerful new framework to investigate prostate cancer disease progression.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,301
Écart entre enseignants0,280 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations16
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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