Analysis of protein levels and solubility in distinct brain regions reveals several elements of the protein homeostasis network that are impacted by aging
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The onset of protein conformation diseases is inextricably linked to aging. During aging, cellular protein quality control declines which results in diminished protein homeostasis (proteostasis). In model organisms, such as C. elegans and killifish, proteostatic decline with age has been linked to the onset of aggregation of proteins in wild-type animals, observed through detergent-insoluble fractionation. Analysis of studies applying detergent-insoluble fractionation in mice revealed that the composition of detergent-insoluble proteins changes with age. However, these individual fractionation studies have generally been limited to small numbers of mice. Herein, we expand on our previous analysis by extending the experiments to a larger cohort of mice and to two brain regions implicated in neurodegenerative diseases, the cortex and hippocampus. These experiments unveil insights into alterations in the abundance and solubility of proteins involved in protein quality control and in inflammation. For example, ribosomal proteins and many chaperone proteins are downregulated with age. Consistent enrichment of subunits of the extracellular C1q complex was also observed in both brain regions alongside an increase in immunoglobulin signal indicating that markers of increased inflammation may also become insoluble during aging. More generally, insoluble proteins share features observed in datasets of impaired protein degradation indicating that the loss of activity of cellular protein degradation machinery may contribute to the specific aggregation of these proteins.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».