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Enregistrement W4392470492 · doi:10.3390/toxins16030136

Unveiling the Broad Substrate Specificity of Deoxynivalenol Oxidation Enzyme DepA and Its Role in Detoxifying Trichothecene Mycotoxins

2024· article· en· W4392470492 sur OpenAlexafffund
Yan Zhu, Edicon Tze Shun Chan, Nadine Abraham, Xiuzhen Li, Weijun Wang, Lili Mats, Honghui Zhu, Jason Carere, Ting Zhou

Notice bibliographique

RevueToxins · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMicrobial metabolism and enzyme function
Établissements canadiensAgriculture and Agri-Food Canada
Organismes subventionnairesAgriculture and Agri-Food CanadaGrain Farmers of Ontario
Mots-clésChemistryEnzyme kineticsZearalenoneDocking (animal)StereochemistryEnzymeMycotoxinActive siteBiochemistryFood science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

mutans 17-2-E-8, exhibits versatility in oxidizing deoxynivalenol (DON) and its derivatives. This study explored DepA's substrate specificity and enzyme kinetics, focusing on DON and 15-acetyl-DON. Besides efficiently oxidizing DON, DepA also transforms 15-acetyl-DON into 15-acetyl-3-keto-DON, as identified via LC-MS/MS and NMR analysis. The kinetic parameters, including the maximum reaction rate, turnover number, and catalytic efficiency, were thoroughly evaluated. DepA-PQQ complex docking was deployed to rationalize the substrate specificity of DepA. This study further delves into the reduced toxicity of the transformation products, as demonstrated via enzyme homology modeling and in silico docking analysis with yeast 80S ribosomes, indicating a potential decrease in toxicity due to lower binding affinity. Utilizing the response surface methodology and central composite rotational design, mathematical models were developed to elucidate the relationship between the enzyme and cofactor concentrations, guiding the future development of detoxification systems for liquid feeds and grain processing. This comprehensive analysis underscores DepA's potential for use in mycotoxin detoxification, offering insights for future applications.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,002

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,236
Écart entre enseignants0,223 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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