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Enregistrement W4392644070 · doi:10.1101/2024.02.27.580776

Modelling Glioma Stem Cell-mediated Tumorigenesis Using Zebrafish PDX Systems

2024· preprint· en· W4392644070 sur OpenAlexaff
Hema Priya Mahendran, Alan Cieslukowski, Dorota Lubanska, Nicholas Philbin, Keith Stringer, Philip Habashy, Mat Stover, Ana C. deCarvalho, Mohamed Soliman, Abdalla Shamisa, Lisa A. Porter

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueZebrafish Biomedical Research Applications
Établissements canadiensWestern UniversityUniversity of Windsor
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésZebrafishDanioCarcinogenesisGliomaBiologyStem cellCancer researchCancer stem cellTumor microenvironmentPhenotypeCancerGeneticsGeneTumor cells

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Summary Glioblastoma is an aggressive brain tumour associated with high post-therapy recurrence and very poor survival rates. One of the factors contributing to the aggressive nature of this disease is the level of heterogeneity seen at the phenotypic and genetic level. Glioma Stem Cells (GSCs) are stem-like cells within the tumour with the ability to self-renew and give rise to different types of cells within the tumour, hence giving rise to the heterogeneity found in glioblastoma. GSCs are often implicated in the resistance of glioma to standard of care radiation and chemotherapy. The physical niche within a tumour mass supports stemness and aggressive characteristics of GSCs, hence, experimental systems providing a relevant tumour microenvironment are critical for adequate assessment of molecular mechanisms regulating GSC populations. Although, mouse models are a staple of an in vivo experimental design, they are neither time-nor cost-efficient. Danio rerio (zebrafish) patient-derived xenografts (PDXs) overcome several of the obstacles of the mammalian systems. Zebrafish constitute a high throughput, easily reproducible experimental platform allowing for life relevant investigation into the aggressiveness of GSC populations. This chapter describes methods required for generation of zebrafish PDXs to study aspects of GSC-mediated tumorigenesis and interactions with the tumour microenvironment. Consistency between labs for these experiments is required to move the discovery of effective treatments for glioblastoma moving forward.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,008
Score d'incertitude au seuil0,016

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,247
Écart entre enseignants0,226 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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