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Enregistrement W4393120764 · doi:10.1093/jrsssb/qkae023

Interpretable discriminant analysis for functional data supported on random nonlinear domains with an application to Alzheimer’s disease

2024· article· en· W4393120764 sur OpenAlexfundno aff
Eardi Lila, Wenbo Zhang, Swati Rane Levendovszky, William J. Jagust, Laurel Beckett, Robert C. Green, Richard J. Perrin, Leslie M. Shaw, Zaven S. Khachaturian, Marı́a C. Carrillo, William Z. Potter, Lisa L. Barnes, Marie Bernard, Carole Ho, Jonathan Jackson, Eliezer Masliah, Donna Masterman, Ozioma C. Okonkwo, Laurie Ryan, Nina Silverberg, Adam Fleisher, Michael W. Weiner, Juliet Fockler, Dallas P. Veitch, John Neuhaus, Chengshi Jin, Rachel L. Nosheny, Miriam T. Ashford, Derek Flenniken, Adrienne Kormos, Tom Montine, Ronald Petersen, Paul Aisen, Michael S. Rafii, Devon Gessert, Jennifer Salazar, Yuliana Cabrera, Sarah Walter, Garrett Miller, Godfrey Coker, Taylor Clanton, Stephanie Smith, Payam Mahboubi, Shelley Moore, Jeremy Pizzola, Elizabeth Shaffer, Brittany Sloan, Clifford R. Jack, Arvin Forghanian-Arani, Christopher G. Schwarz, David T. Jones, Jeff Gunter, Kejal Kantarci, Matthew L. Senjem, Prashanthi Vemuri, Robert I. Reid, Nick C. Fox, Ian B. Malone, Paul M. Thompson, Sophia I. Thomopoulos, Talia M. Nir, Neda Jahanshad, Alexander Knaack, Evan Fletcher, Danielle Harvey, Duygu Tosun, Stephanie Rossi Chen, Mark Choe, Paul A. Yushkevich, Sandhitsu R. Das, Eric M. Reiman, Nigel J. Cairns, Erin Householder, Erin Franklin, Haley Bernhardt, Lisa Taylor‐Reinwald, John Q. Trojanowki, Magdalena Korecka, Michal Figurski, Arthur W. Toga, Scott Neu, Shannon L. Risacher, Liana G. Apostolova, Li Shen, Kelly Nudelman, Kelley Faber, Kristi Wilmes, Leon J. Thal, Lisa C. Silbert, Betty Lind, Rachel Crissey, Jeffrey Kaye, Raina Carter, Sara Dolen, Joseph F. Quinn, Sonia Pawluczyk, Mauricio Becerra, Liberty Teodoro, Karen Dagerman, Bryan M. Spann, James Brewer, Helen Vanderswag, Jaimie Ziolkowski, Judith L. Heidebrink, Lisa Zbizek-Nulph, Joanne Lord, Sara S. Mason, Colleen S. Albers, David S. Knopman, Kris Johnson, Javier Villanueva-Meyer, Valory Pavlik, Nathaniel Pacini, Ashley Lamb, Joseph S. Kass, Rachelle S. Doody, Victoria Shibley, Munir Chowdhury, Susan Rountree, Mimi Dang, Yaakov Stern, Lawrence S. Honig, Akiva Mintz, Beau M. Ances, David Winkfield, Maria Carroll, Georgia Stobbs-Cucchi, Angela Oliver, Mary L. Creech, Mark A. Mintun, Stacy Schneider, David Geldmacher, Marissa Natelson Love, Randall Griffith, David W. Clark, John Brockington, Daniel Marson, Hillel Grossman, Martin Goldstein, Jonathan Greenberg, Effie Mitsis, Raj C. Shah, Melissa Lamar, Patricia Samuels, Ranjan Duara, Maria T. Greig‐Custo, Rosemarie Rodriguez, Marilyn Albert, Chiadi U. Onyike, Leonie Farrington, Scott Rudow, Rottislav Brichko, Stephanie Kielb, Amanda Smith, Balebail Ashok Raj, Kristin Fargher, Martin Sadowski, Thomas Wısnıewskı, Melanie Shulman, Arline Faustin, Julia Rao, Karen M. Castro, Anaztasia Ulysse, Shannon Chen, Mohammed O. Sheikh, Jamika Singleton-Garvin, P. Murali Doraiswamy, Olga James, Terence Z. Wong, Salvador Borges‐Neto, Jason Karlawish, David A. Wolk, Sanjeev Vaishnavi, Christopher M. Clark, Steven E. Arnold, Charles D. Smith, Gregory A. Jicha, Riham El Khouli, Flavius D. Raslau, Oscar L. López, MaryAnn Oakley, Kim Martin, Nancy Kowalski, Melanie Keltz, Bonnie S. Goldstein, Kelly M. Makino, M. Saleem Ismail, Connie Brand, Aimee Pierce, Beatriz Yáñez‐Rivera, Megan Witbracht, Brendan Kelley, Trung Dung Nguyen, Kyle Womack, Dana Mathews, Mary Quiceno, Allan I. Levey, James J. Lah, Ihab Hajjar, Janet S. Cellar, Jeffrey M. Burns, Russell H. Swerdlow, William M. Brooks, Daniel Silverman, Sarah Kremen, Kathleen Tingus, Po H. Lu, George Bartzokis, Ellen Woo, Edmond Teng, Neill R. Graff‐Radford, Francine Parfitt, Kim Poki-Walker, Martin R. Farlow, Ann Marie Hake, Brandy R. Matthews, Jared R. Brosch, Scott Herring, Christopher H. van Dyck, Adam P. Mecca, Susan P. Good, Martha G. MacAvoy, Richard E. Carson, Pradeep Varma, Howard Chertkow, Susan Vaitekunis, Chris Hosein, Sandra E. Black, Bojana Stefanovic, Chris Heyn, Ging‐Yuek Robin Hsiung, Ellen Kim, Benita Mudge, Vesna Sossi, Howard Feldman, Michele Assaly, Elizabeth Finger, Stephen Pasternak, Irina Rachinsky, Andrew Kertesz, Dick Drost, John Rogers, Ian Grant, Brittanie Muse, Emily Rogalskı, Jordan Robson, M.‐Marsel Mesulam, Diana Kerwin, Chuang‐Kuo Wu, Nancy Johnson, Kristine Lipowski, Sandra Weıntraub, Borna Bonakdarpour, Nunzio Pomara, Raymundo Hernando, Antero Sarrael, Howard J. Rosen, Bruce L. Miller, David C. Perry, Raymond Scott Turner, Kathleen Johnson, Jessica Poe, Reisa A. Sperling, Keith A. Johnson, Gad A. Marshall, Steven Chao, Jaila Coleman, Jessica D. White, Allyson Rosen, Jared Tinklenberg, Christine M. Belden, Alireza Atri, Kelly Clark, Edward Zamrini, Marwan N. Sabbagh, Ronald Killiany, Robert A. Stern, Jesse Mez, Neil W. Kowall, Andrew E. Budson, Thomas O. Obisesan, Saba Wolday, Javed Khan, Alan J. Lerner, Paula Ogrocki, Curtis Tatsuoka, Parianne Fatica, Pauline Maillard, John Olichney, Charles DeCarli, Owen Carmichael, Vernice Bates, Horacio Capote, Michelle Rainka, Michael Borrie, T‐Y Lee, Robert Bartha, Sterling C. Johnson, Allison Perrin, Anna Burke, Douglas W. Scharre, Maria Kataki, Rawan Tarawneh, David Hart, Earl A. Zimmerman, Dzintra Celmins, Del D. Miller, Laura L. Boles Ponto, Karen Ekstam Smith, Hristina Koleva, Hyungsub Shim, Ki Won Nam, Susan K. Schultz, Jeff D. Williamson, Suzanne Craft, Jo Cleveland, Mia Yang, Kaycee M. Sink, Brian R. Ott, Jonathan Drake, Geoffrey Tremont, Lori A. Daiello, Aaron Ritter, Charles Bernick, Donna Munic, Abigail O’Connelll, Arthur Wiliams, Joseph C. Masdeu, Jiong Shi, Angelica Garcia, Paul Newhouse, Steven Potkin, Stephen Salloway, Paul Malloy, Stephen Correia, Smita Kittur, Godfrey D. Pearlson, Karen Blank, Karen Anderson, Laura A. Flashman, Marc Seltzer, Mary L. Hynes, Robert B. Santulli, Norman Relkin, Gloria Chiang, Michael Z. Lin, Athena Lee, Andrew J. Saykin, Thomas C. Neylan, Jordan Grafman, Sarah Danowski, Catherine Nguyen-Barrera, Jacqueline Hayes, Shannon Finley, Matt A. Bernstein, Bret Borowski, Chad Ward, Norm Foster, Sungeun Kim, Kimberly S. Blanchard, Debra Fleischman, Konstantinos Arfanakis, Daniel Varón, Maria T. Greig, Kimberly S. Martin, Christopher Reist, Carl Sadowsky, Walter Martínez, Teresa Villena, Elaine R. Peskind, Eric C. Petrie, Gail Li, Rema Raman, Gustavo Jimenez‐Maggiora, Caileigh Zimmerman, Scott Mackin, Erin Drake, Mike Donohue, David Bickford, Meryl A. Butters, Michelle Zmuda, Denise A. Reyes, Karen Crawford, Tatiana Foroud, Kelley M. Faber, Kwangsik Nho, Yiu Ho Au, Kelly Scherer, Daniel Catalinotto, Samuel Stark, Elise Ong, Dariella Fernandez

Notice bibliographique

RevueJournal of the Royal Statistical Society Series B (Statistical Methodology) · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineMathematics
ThématiqueStatistical Methods and Inference
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringNational Institute on AgingNational Science Foundation of Sri LankaNational Institutes of HealthGenentechIXICOH. Lundbeck A/SServierEisaiPfizerNovartis Pharmaceuticals CorporationMeso Scale DiagnosticsNorthern California Institute for Research and EducationF. Hoffmann-La RocheUniversity of Southern CaliforniaBristol-Myers SquibbEli Lilly and CompanyBiogenBioClinicaCanadian Institutes of Health ResearchNational Science Foundation
Mots-clésLinear discriminant analysisDiseaseNonlinear systemArtificial intelligenceDiscriminantPattern recognition (psychology)Computer sciencePsychologyMachine learningMathematicsEconometricsStatisticsMedicinePathologyPhysics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We introduce a novel framework for the classification of functional data supported on nonlinear, and possibly random, manifold domains. The motivating application is the identification of subjects with Alzheimer's disease from their cortical surface geometry and associated cortical thickness map. The proposed model is based upon a reformulation of the classification problem as a regularized multivariate functional linear regression model. This allows us to adopt a direct approach to the estimation of the most discriminant direction while controlling for its complexity with appropriate differential regularization. Our approach does not require prior estimation of the covariance structure of the functional predictors, which is computationally prohibitive in our application setting. We provide a theoretical analysis of the out-of-sample prediction error of the proposed model and explore the finite sample performance in a simulation setting. We apply the proposed method to a pooled dataset from Alzheimer's Disease Neuroimaging Initiative and Parkinson's Progression Markers Initiative. Through this application, we identify discriminant directions that capture both cortical geometric and thickness predictive features of Alzheimer's disease that are consistent with the existing neuroscience literature.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,004
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,016
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: Théorique ou conceptuel
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,421
Score d'incertitude au seuil0,993

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0040,016
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,197
Tête enseignante GPT0,429
Écart entre enseignants0,232 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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