Abstract 1837 ID please! Determining protein interactors of an uncharacterised yeast lipase using BioID
Notice bibliographique
Résumé
Drl1 is a putative lipase in Saccharomyces cerevisiae for which the exact role in the lipid metabolic pathways is still unknown. A previous genome-wide screening from our lab showed that Drl1 is involved in the regulation of diacylglycerol (DAG) localization, as normal DAG pools were disrupted in Drl1 knockout and catalytically dead strains. We aim to determine the role of Drl1 in lipid metabolism by studying its protein-protein interactions using TurboID, a more recent iteration of the BioID biotin proximity labelling technology, combined with an auxin-induced degron-fused Bpl1 to reduce endogenous biotinylation signal (https://doi.org/10.15252/msb.202211084). Streptavidin-HRP blots have shown that overnight incubation in auxin-enriched media greatly reduces signal from abundant endogenously biotinylated proteins, including Acc1, Hfa1 and Arc1. Furthermore, four-hour pulses of biotin combined with continued auxin incubation resulted in the appearance of additional bands on Streptavidin-HRP blots compared to controls, providing strong evidence that interactors of Drl1 are being biotinylated above background levels and would make promising candidates for Streptavidin-Sepharose affinity purification, with the end goal of sending enriched samples for proteomic analysis to identify likely interactors of Drl1. Different washes and elution conditions varying pH and denaturing agents, are currently being tested using Streptavidin-coated magnetic beads to determine optimum enrichment conditions for MS-MS analysis. This work has been financially supported by the Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada (NSERC) grant to VZ.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».