Abstract 2235 Identifying the CowN-MoFeP Interaction Site Utilizing Protein Cross-linking
Notice bibliographique
Résumé
Nitrogenase is a bacterial enzyme that catalyzes the conversion of nitrogen gas into ammonia, a key plant nutrient. Nitrogenase is a protein complex consisting of a homodimeric reductase (Fe-protein) and a catalytic subunit (MoFeP), which is a dimer of dimers. Carbon monoxide (CO) inhibits nitrogenase by acting as a mixed inhibitor. To protect nitrogenase from CO, many nitrogen fixing organisms express a small protein, CowN, which interacts with MoFeP to weaken carbon monoxide inhibition. The goal of this research was to determine the interaction site between Gluconacetobacter diazotrophicus CowN and MoFeP. To do so, a cross-linking approach was utilized. A series of cross-linkers were tested to capture the MoFeP-CowN interaction, including EDC, BS3 and SIAB. The lysine-cysteine reactive cross-linker SIAB formed a cross-linked complex between CowN and MoFeP, suggesting that the cross-linking interface contains a lysine and a cysteine residue. Next, a variant of CowN, C90A-CowN, was created that eliminated all cysteine reactivity on CowN. SIAB cross-linking still occurred with C90A-CowN, indicating that the SIAB cross linker most likely reacts with a lysine on CowN and a cysteine on MoFeP. Further analysis of the cross-linked complex by mass spectrometry demonstrated that CowN interacted with both subunits of MoFeP. The sequence coverage for the complex was very high, however, no characteristic peptides indicative of a CowN-MoFeP complex were found. Further experiments using different mass spectrometry approaches and MoFeP mutants are currently underway to determine the CowN-MoFeP interaction site. I would like to thank the past nitrogenase team, especially Joshuah Arellano, Dr. Owens, Chapman University, for making the nitrogenase project progress so much. I would also like to give a big thank you to the NSF for funding the research at Chapman University in Schmid College of Science and Technology.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».