Additional file 1 of Genomic classification and antimicrobial resistance profiling of Streptococcus pneumoniae and Haemophilus influenzae isolates associated with paediatric otitis media and upper respiratory infection
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Table S1. Clinical metadata. Table S2. Kraken 2 contig classifications weighted by contig length (% total assembly size) for S. pneumoniae isolates. Table S3. Assembly statistics from Pathogenwatch for S. pneumoniae isolates. Table S4. Serotype, MLST sequence typing, AMR profile, and select clinical metadata for S. pneumoniae isolates. Table S5. Additional AMR predictions compared to clinical metadata for S. pneumoniae isolates. Table S6. Penam resistance hits from CARD results. Table S7. FastANI results for S. pneumoniae isolate 1001 compared to NCBI-Genbank S. pneumoniae strains. Table S8. Sequence type, serotype and AMR profile for S. pneumoniae isolate 1001's closest related S. pneumoniae strains. Table S9. VFDB comparison of virulence factor genes across select S. pneumoniae strains. Table S10. Kraken 2 contig classifications weighted by contig length (% total assembly size) for H. influenzae isolates. Table S11. Assembly statistics from Pathogenwatch for H. influenzae isolates. Table S12. MLST sequence typing and select clinical metadata for H. influenzae isolates. Table S13. Beta-lactamase hits from CARD results.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,013 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,355 | 0,102 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».