Identification and expression analysis of autophagy-related gene family associated with embryonic development in seeded and seedless grapes (<i>Vitis vinifera</i>)
Notice bibliographique
Résumé
Autophagy is an important protein degradation pathway in eukaryotes and is involved in multiple processes. To date, many autophagy-related genes had been studied in various plants, but a few studies have been reported on the role of autophagy in seed development. For centuries, seedlessness has been one of the most valuable characteristics of grapes. In this study, we identified a total of 33 ATG genes in the grape. Tissue-specific expression analysis showed that VvATGs expressed widely in V. vinifera cv. ‘Pinot Noir’, indicating autophagy has an extensive role in plant development. Furthermore, we analysed the expression profiles of VvATGs during seed development in stenospermocarpic seedless ‘Thompson Seedless’ and seeded grapes ‘Pinot Noir’, the results showed that most of VvATGs exhibited higher expression levels in stenospermocarpic seedless grapes than that of seeded ones, which implies the autophagic activity in seedless grapes is relatively brisk and VvATGs may involve in the seed abortion. And the yeast two-hybrid assay showed that VvATG7 protein interacted with VvATG10 and VvATG12 protein, respectively, indicating that they may form autophagy complex through protein interactionIn summary, the genome-wide identification, expression analysis, and protein interaction of VvATGs provide new insights regarding potential roles during plant embryonic development.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».