Sanger sequencing and ddPCR raw data files (A species-specific digital PCR assay for the endangered blue racer in Canada)
Notice bibliographique
Résumé
Manuscript title: A species-specific digital PCR assay for the endangered blue racer in Canada Authors: Orianne Tournayre, Ryan Wolfe, Hannah McCurdy-Adams, Amy A. Chabot and Stephen C.Lougheed Data: 349360_chromats.zip (".ab1" files) : raw cytochrome b (cytb) sequences and chromatograms of 13 blue racer individuals collected on Pelee Island (Canada, see Table S1 for more information). Sequencing was done at the Centre for Applied Genomics (Toronto, Canada) using the L14910 (de Queiroz et al. 2002) and ColSeq1F (Burbrink et al. 2008) primers. ". ddpcr" files: ddPCR raw data generated using a Bio-Rad QX200™ AutoDG™Droplet Digital™ PCR System and direct quantification mode in the QX Manager 2.0 Standard Edition software (BioRad, Saint-Laurent, QC,Canada) In_vitro_data_ 20221214_145436_565.ddpcr : Standard concentration 1 Standard concentration 2: 1/2 dilution Standard concentration 3: 1/4 dilution Standard concentration 4: 1/8 dilution Standard concentration 5: 1/16 dilution Standard concentration 6: 1/32 dilution Standard concentration 7: 1/64 dilution Standard concentration 8: 1/128 dilution Standard concentration 9: 1/256 dilution Standard concentration 10: 1/512 dilution Standard concentration 11: 1/1024 dilution Standard concentration 12: 1/2048 dilution Standard concentration 13: 1/4096 dilution Standard concentration 14: 1/8192 dilution Standard concentration 15: 1/16384 dilution LOD_LOQ_data_20230113_145859_903.ddpcr In_situ_data_20221220_134107_549.ddpcr
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,007 |
| Études des sciences et des technologies | 0,004 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,136 | 0,073 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».