Additional file 2 of Whole-genome sequencing reveals the genetic mechanisms of domestication in classical inbred mice
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 2: Table S7. Genes located in low nucleotide diversity regions (top 5%) in classical inbred mice strains as compared to wild and wild-derived inbred mice. Table S8. Functional categories of the genes (p < 0.05) located at low nucleotide diversity regions (top 5%) in classical inbred mice strains as compared to wild and wild-derived inbred mice. Table S9. Genes located in top 5% Fst regions in classical inbred mice strains as compared to wild and wild-derived inbred mice. Table S10. Functional categories of the genes (p < 0.05) located in top 5% Fst regions in classical inbred mice strains compared to wild and wild-derived inbred mice. Table S11. Genes with top 5% XP-CLR score in classical inbred mice strains as compared to wild and wild-derived inbred mice. Table S12. Functional categories of the genes (p < 0.05) with top 5% XP-CLR score in classical inbred mice strains as compared to wild and wild-derived inbred mice. Table S13. Common 339 positively selected genes (PSGs) in classical inbred mice strains as compared to wild and wild-derived inbred mice. Table S14. Functional categories of the common 339 positively selected genes in classical inbred mice strains as compared to wild and wild-derived inbred mice. Table S15. Common 355 positively selected genes between classical inbred mice strains and wild mice after excluding wild-derived inbred mice. Table S16. Genes significantly higher expressed in immature brain/brain than in other tissues. Table S17. Abnormal phenotypes of the 245 genes from 339 PSGs reported in mouse models. Table S18. Differently expressed genes of the 339 PSGs in the hippocampus between classical inbred and wild mice. Table S19. Differently expressed genes of the 339 PSGs in the frontal lobe between classical inbred and wild mice. Table S20. Differently expressed genes of the 339 PSGs in the hypothalamus between classical inbred and wild mice. Table S22. Selected sites with reference allele homozygous not existing in any wild mice, but existing in all the classical inbred mice. Table S24. SNPs located in Astn2 gene with no homozygous of reference allele in wild mice. Table S25. SNPs located in Astn2 gene with high selective potential.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,480 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».