Replisome Proximal Protein Associations and Dynamic Proteomic Changes at Stalled Replication Forks
Notice bibliographique
Résumé
DNA replication is a fundamental cellular process that ensures the transfer of genetic information during cell division. Genome duplication takes place in S phase and requires a dynamic and highly coordinated recruitment of multiple proteins at replication forks. Various genotoxic stressors lead to fork instability and collapse, hence the need for DNA repair pathways. By identifying the multitude of protein interactions implicated in those events, we can better grasp the complex and dynamic molecular mechanisms that facilitate DNA replication and repair. Proximity-dependent biotin identification was used to identify associations with 17 proteins within four core replication components, namely the CDC45/MCM2-7/GINS helicase that unwinds DNA, the DNA polymerases, replication protein A subunits, and histone chaperones needed to disassemble and reassemble chromatin. We further investigated the impact of genotoxic stress on these interactions. This analysis revealed a vast proximity association network with 108 nuclear proteins further modulated in the presence of hydroxyurea; 45 being enriched and 63 depleted. Interestingly, hydroxyurea treatment also caused a redistribution of associations with 11 interactors, meaning that the replisome is dynamically reorganized when stressed. The analysis identified several poorly characterized proteins, thereby uncovering new putative players in the cellular response to DNA replication arrest. It also provides a new comprehensive proteomic framework to understand how cells respond to obstacles during DNA replication.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».