Stability of Mosaic Divergent Repeat Interruptions in X‐Linked Dystonia‐Parkinsonism
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background X‐Linked dystonia‐parkinsonism (XDP) is an adult‐onset neurodegenerative disorder characterized by rapidly progressive dystonia and parkinsonism. Mosaic Divergent Repeat Interruptions affecting motif Length and Sequence (mDRILS) were recently found within the TAF1 SVA repeat tract and were shown to associate with repeat stability and age at onset in XDP, specifically the AGGG [5′‐SINE‐VNTR‐Alu(AGAGGG)2AGGG(AGAGGG)n] mDRILS. Objective This study aimed to investigate the stability of mDRILS frequencies and stability of (AGAGGG)n repeat length during transmission in parent–offspring pairs. Methods Fifty‐six families (n = 130) were investigated for generational transmission of repeat length and mDRILS. The mDRILS stability of 16 individuals was assessed at two sampling points 1 year apart. DNA was sequenced with long‐read technologies after long‐range polymerase chain reaction amplification of the TAF1 SVA. Repeat number and mDRILS were detected with Noise‐Cancelling Repeat Finder (NCRF). Results When comparing the repeat domain, 51 of 65 children had either contractions or expansions of the repeat length. The AGGG frequency remained stable across generations at 0.074 (IQR: 0.069–0.078) (z = −0.526; P = 0.599). However, the median AGGG frequency in children with an expansion (0.072 [IQR: 0.066–0.076]) was lower compared with children with retention or contraction (0.080 [IQR: 0.073–0.083]) (z = −0.007; P = 0.003). In a logistic regression model, the AGGG frequency predicted the outcome of either expansion or retention/contraction when including repeat number and sex as covariates (β = 80.7; z‐score = 2.63; P = 0.0085). The AGGG frequency varied slightly over 1 year (0.070 [IQR: 0.063–0.080] to 0.073 [IQR: 0.069–0.078]). Conclusions Our results show that a higher AGGG frequency may stabilize repeats across generations. This highlights the importance of further investigating mDRILS as a disease‐modifying factor with generational differences. © 2024 The Authors. Movement Disorders published by Wiley Periodicals LLC on behalf of International Parkinson and Movement Disorder Society.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».