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Enregistrement W4395035651 · doi:10.1099/ijsem.0.006346

Apirhabdus apintestini gen. nov., sp. nov., a member of a novel genus of the family Enterobacteriaceae, isolated from the gut of the western honey bee Apis mellifera

2024· article· en· W4395035651 sur OpenAlexafffund
Matthew W. Quinn, Brendan A. Daisley, Sarah J. Vancuren, Amira Bouchema, Elina L. Niño, Gregor Reid, Graham Thompson, Emma Allen‐Vercoe

Notice bibliographique

RevueINTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueInsect and Pesticide Research
Établissements canadiensWestern UniversityUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchCanada First Research Excellence Fund
Mots-clésBiologyEnterobacteriaceaerpoB16S ribosomal RNAPhylogenetic treeMicrobiologyPhylogeneticsStrain (injury)Lineage (genetic)GeneticsGeneEscherichia coliAnatomy

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A Gram-negative, motile, rod-shaped bacterial strain, CA-0114 T , was isolated from the midgut of a western honey bee, Apis mellifera . The isolate exhibited ≤96.43 % 16S rRNA gene sequence identity (1540 bp) to members of the families Enterobacteriaceae and Erwiniaceae . Phylogenetic trees based on genome blast distance phylogeny and concatenated protein sequences encoded by conserved genes atpD , fusA, gyrB , infB , leuS , pyrG and rpoB separated the isolate from other genera forming a distinct lineage in the Enterobacteriaceae . In both trees, the closest relatives were Tenebrionicola larvae YMB-R21 T and Tenebrionibacter intestinalis BIT-L3 T , which were isolated previously from Tenebrio molitor L., a plastic-eating mealworm. Digital DNA–DNA hybridization, orthologous average nucleotide identity and average amino acid identity values between strain CA-0114 T and the closest related members within the Enterobacteriaceae were ≤23.1, 75.45 and 76.04 %, respectively. The complete genome of strain CA-0114 T was 4 451669 bp with a G+C content of 52.12 mol%. Notably, the apparent inability of strain CA-0114 T to ferment d -glucose, inositol and l -rhamnose in the API 20E system is unique among closely related members of the Enterobacteriaceae . Based on the results obtained through genotypic and phenotypic analysis, we propose that strain CA-0114 T represents a novel species and genus within the family Enterobacteriaceae , for which we propose the name Apirhabdus apintestini gen. nov., sp. nov. (type strain CA-0114 T =ATCC TSD-396 T =DSM 116385 T ).

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,938
Score d'incertitude au seuil0,177

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,036
Tête enseignante GPT0,257
Écart entre enseignants0,220 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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