International circumpolar surveillance: update on the interlaboratory quality control program for <i>Streptococcus pneumoniae</i> , 2009 to 2020
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT The International Circumpolar Surveillance (ICS) program is a population-based surveillance network for invasive bacterial diseases throughout Arctic countries and territories. The ICS quality control program for Streptococcus pneumoniae serotyping and antimicrobial susceptibility testing has been ongoing since 1999. Current participating laboratories include the Provincial Laboratory for Public Health in Edmonton, Alberta; Laboratoire de santé publique du Québec in Sainte-Anne-de-Bellevue, Québec; the Centers for Disease Control’s Arctic Investigations Program in Anchorage, Alaska; the Neisseria and Streptococcus Reference Laboratory at Statens Serum Institut in Copenhagen, Denmark; the Department of Clinical Microbiology, Landspitali in Reykjavik, Iceland; and Public Health Agency of Canada’s National Microbiology Laboratory in Winnipeg, Manitoba. From 2009 to 2020, 140 isolates of S. pneumoniae were distributed among the six laboratories as part of the quality control program. Overall serotype concordance was 96.9%, with 99.3% concordance to pool level. All participating laboratories had individual concordance rates >92% for serotype and >97% for pool. Overall concordance by modal minimum inhibitory concentration (MIC) for testing done by broth microdilution or Etest was 99.1%, and >98% for all antimicrobials tested. Categorical concordance was >98% by both CLSI and EUCAST criteria. For two laboratories performing disc diffusion, rates of concordance by modal MIC were >97% for most antimicrobials, except chloramphenicol (>93%) and trimethoprim/sulfamethoxazole (>88%). Data collected from 12 years of the ICS quality control program for S. pneumoniae demonstrate excellent (≥95%) overall concordance for serotype and antimicrobial susceptibility testing results across six laboratories. IMPORTANCE Arctic populations experience several social and physical challenges that lead to the increased spread and incidence of invasive diseases. The International Circumpolar Surveillance (ICS) program was developed to monitor five invasive bacterial diseases in Arctic countries and territories. Each ICS organism has a corresponding interlaboratory quality control (QC) program for laboratory-based typing, to ensure the technical precision and accuracy of reference testing services for these regions, and identify and correct potential problems. Here, we describe the results of the ICS Streptococcus pneumoniae QC program, from 2009 to 2020. Excellent overall concordance was achieved for serotype and antimicrobial susceptibility testing results across six laboratories. Ongoing participation in these QC programs ensures the continuation of quality surveillance systems within Arctic populations that experience health disparities.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».