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Enregistrement W4396230787 · doi:10.1093/plcell/koae131

From algae to apples: The structural and functional conservation of NLRs

2024· editorial· en· W4396230787 sur OpenAlexaff
Michael Busche, Bradley Laflamme

Notice bibliographique

RevueThe Plant Cell · 2024
Typeeditorial
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant-Microbe Interactions and Immunity
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyInnate immune systemFunction (biology)NOD1EffectorImmune systemCell biologyImmunityEvolutionary biologyGeneticsComputational biology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Plant species have been warding off microbial infections throughout their evolutionary history, which has led to the development of innate immune systems tailored to sensing and responding to pathogens.In plants, the intracellular immune response is spearheaded by Nucleotide-Binding Leucine-Rich-Repeat Receptors, or NLRs, which often detect "effector" virulence proteins used by pathogens to evade or subvert host defenses.Upon activation, NLRs induce a suite of defense responses, including accumulation of defense hormones, induction of immune-related genes, and activation of programmed cell death (Adachi et al. 2019).A key to the function of NLRs is oligomerization driven by the nucleotide-binding domain upon binding of ATP.Such oligomers are referred to as "resistosomes", but the function of resistosomes differs between subclasses of NLRs and is determined by their N-terminal domains and subcellular localization.The oldest group of NLRs in terms of evolution contain an N-terminal coiled-coil (CC) domain, some of which have been shown to form calcium channels upon oligomerization.(Hu and Chai 2023).While the field of NLR biology in plants has received an enormous amount of attention in the last five years, this attention has been focused almost entirely on angiosperms (or flowering plants).In this issue, Khong-Sam Chia and colleagues (Chia et al. 2024) expand our understanding of NLR biology in non-flowering plant lineages, identifying immunity-related mechanisms that have likely been in place for hundreds of millions of years.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,375
Score d'incertitude au seuil0,998

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,204
Écart entre enseignants0,187 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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