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Enregistrement W4396651521 · doi:10.1093/jas/skae102.144

177 Modulation of fecal microbiome by phytogenics, a postbiotic, and mix of organic acids with essential oils in weaned pigs subjected to F18 <i>Escherichia coli</i> challenge

2024· article· en· W4396651521 sur OpenAlexaff
Allison Knoell, Maria Sardi, Corinne Schut, Caroline Gonzalez Vega, Brooke M. Smith, Zhenbin Zhang, Abdolvahab Farzan, Ehsan Khafipour

Notice bibliographique

RevueJournal of Animal Science · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueClostridium difficile and Clostridium perfringens research
Établissements canadiensUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMicrobiomeFecesEscherichia coliGut microbiomeFood scienceBiologyMicrobiologyBiochemistryBioinformatics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract This study evaluated the effects of bioactive feed ingredients on fecal microbiome of weaned pigs subjected to F18 enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) challenge. Two blocks of weaned pigs [n = 72; Yorkshire/Landrace/Duroc; initial body weight (BW) = 6.62 ± 1.37 kg] were balanced by gender and litter and randomly allocated to one of the six treatments with 12 pens/block and 6 pigs/pen. Treatments included: 1) basal diet (NC), 2) NC + 0.1% phytogenic (Fresta Protect, Delacon, Austria; PFP), 3) NC + 0.2% postbiotic (Dia-V Nursery, Diamond V, IA; PB), 4) NC + 0.2% new phytogenic prototype (Delacon, Austria; NPP), 5) NC + 0.2% organic acid and essential oil blend (OA+EO), and 6) NC + 0.1% phytogenic (Fresta Protect) + 0.2% postbiotic (Dia-V Nursery; PFP+PB). The trial lasted 15 d, with a 7-d pre-challenge and 8-d post-challenge periods. Pigs were orally inoculated with 5 x 1010 CFU/mL of F18 ETEC (O147:H2, LT:STb:STa:Stx2:F18) on d 8 and 9 of study after 5-h fasting. Fecal swabs were collected before challenge (d 8) and 3- and 8-d post-challenge (d 10 and 15 of study) and subjected to shotgun metagenomics. Diarrhea score and E. coli shedding (CFU/mL) were monitored daily and analyzed using a multi-level mixed effect ordinal logistic regression with block and pen as random effects. Microbiome data were center-log-ratio transformed and analyzed for diversity, abundance, and interaction networks. At 3-d post-challenge, the OA+EO, PFP+PB and NPP supplemented pigs had reduced (P < 0.001) E. coli shedding compared with NC. Diarrhea score tended to be less (P = 0.054) in PFP+PB fed pigs 5-d post-challenge and was less (P = 0.02) in PFP+PB, OA+EO, and NPP 6-d post-challenge than NC. Alpha-diversity declined (P < 0.01) 3-d post-challenge with most reduction in PFP and OA+EO but recovered 8-d post-challenge except for PFP and OA+EO (P < 0.01). At the baseline and 8-d post-challenge, the largest number of differentially abundant taxa (P < 0.05) were observed in PFP+PB compared with NC. The PFP+PB reduced the abundances of Escherichia.sp000208585 and Campylobacter.P585 which were negatively correlated (P < 0.01) with average daily gain (ADG) and BW, and positively correlated (P < 0.01) with diarrhea score and E. coli shedding. The PFP+PB increased beneficial species including Prevotella.sp900543585, Mitsuokella jalaludinii, and Faecalibacterium prausnitzii with the first two positively correlated (P < 0.01) with ADG and BW, and negatively correlated (P < 0.01) with diarrhea score and E. coli shedding. By d-8 post-challenge, PFP+PB microbial network had the highest degree of negative connections suggestive of a more competitive microbial ecosystem against opportunistic microorganisms compared with NC. In conclusion, co-supplementation of Fresta Protect phytogenic and postbiotic promoted a microbiome with greater beneficial and reduced detrimental bacteria resulting in low diarrhea score post-challenge.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,281
Écart entre enseignants0,269 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
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