HEPN-AbiV is an RNase in the antiphage system AbiV
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Prokaryotes and eukaryotes possess defense systems, which can be either innate or acquired, to protect against viral infections. At the bacterial population level, abortive infection (Abi) serves as an innate immune defense mechanism against phage invasion. The AbiV antiviral system is prevalent in several bacterial genomes and exhibits diverse characteristics in terms of gene composition and evolution. Our investigation into the Lactococcus AbiV system revealed a novel two-component system, abiV1 and abiV2 , both of which are essential for its function as a type III toxin-antitoxin system. The toxin component AbiV (product of abiV1 ) is an RNase belonging to the HEPN (Higher Eukaryotes and Prokaryotes Nucleotide-binding) superfamily as it carries the consensus Rx4-6H motif. In vivo assays coupled with mass spectrometry showed that the lactococcal AbiV was expressed in the presence or absence of phages while in vitro experiments demonstrated that AbiV1 degraded ribosomal RNA but not mRNA. On the other hand, the antitoxin component ( abiV2 ) was found to function as an RNA molecule that inhibited the nuclease activity of the AbiV1 toxin. The structural characterization of AbiV revealed that this RNase utilizes a large patch of positively charged area across the dimer to anchor RNA molecules. In addition, we showed that the AbiV N-terminal region (amino acids 1 to 23) is crucial for its RNase activity as a truncated AbiV lacking this segment adopted distinct conformational states incompatible with RNA binding. This study provided novel insights into the mode of action of the antiviral system AbiV.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».