Phylogenomics of novel clones of <i>Aeromonas veronii</i> recovered from a freshwater lake reveals unique biosynthetic gene clusters
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Aquatic ecosystems are important reservoirs for clinically relevant pathogens and antimicrobial resistance genes, thus present a significant risk to global health. Here, we assessed the phylogenomics of Aeromonas veronii ( A. veronii ) recovered from Lake Wilcox in Ontario using a combination of morphological, biochemical, and whole-genome sequencing (WGS) techniques. Eleven distinct bacterial colonies were isolated and identified as A. veronii (n=9), and two other Aeromonas species ( A. caviae and A. allosaccharophila ), with significant discrepancies noted between biochemical and WGS identification methods. Of note, 67% (n=6/9) of A. veronii isolates were human pathogens (Pathogenicity score ≥ 0.50). The genomic analysis revealed high genetic diversity among the A. veronii isolates, including the discovery of 41 novel alleles and seven new sequence types (ST) suggesting the lake as a reservoir for multiple human pathogenic clones of this bacterium. The comparison of the newly isolated and sequenced A. veronii with 214 A. veronii genomes revealed significant genetic diversity and suggests potential broad geographical dissemination of strains. Chromosomal genes ( OXA-912 and cphA [ cphA3, cphA4, cphA7 ]) genes encoding resistance to β-lactamases were detected in all isolates. Human and non-human pathogenic strains of A. veronii differed in their virulence gene content, with type III secretion systems being associated with human pathogenic isolates. Mobilome analysis revealed the absence of plasmids in A. veronii isolates and the presence of 13 intact the great majority of which were P22-like (Peduoviridae) phages, and nine different insertion sequence families. Novel biosynthetic gene clusters were identified and characterized, indicating the potential for unique secondary metabolite production in A. veronii with different pathogenic potential. Overall, this study underscores the importance of continuous surveillance of aquatic ecosystems for the presence of pathogens, contributing to our understanding of their evolution, potential for human pathogenicity, and the ecological roles of their genetic elements.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».