Development of Peptide Displacement Assays to Screen for Antagonists of DDB1 Interactions
Notice bibliographique
Résumé
High Resolution Image Download MS PowerPoint Slide The DNA damage binding protein 1 (DDB1) is an essential component of protein complexes involved in DNA damage repair and the ubiquitin-proteasome system (UPS) for protein degradation. As an adaptor protein specific to Cullin-RING E3 ligases, DDB1 binds different receptors that poise protein substrates for ubiquitination and subsequent degradation by the 26S proteasome. Examples of DDB1-binding protein receptors are Cereblon (CRBN) and the WD-repeat containing D DB1- and C UL4- a ssociated f actors (DCAFs). Cognate substrates of CRBN and DCAFs are involved in cancer-related cellular processes or are mimicked by viruses to reprogram E3 ligases for the ubiquitination of antiviral host factors. Thus, disrupting interactions of DDB1 with receptor proteins might be an effective strategy for anticancer and antiviral drug discovery. Here, we developed fluorescence polarization (FP)-based peptide displacement assays that utilize full-length DDB1 and fluorescein isothiocyanate (FITC)-labeled peptide probes derived from the specific binding motifs of DDB1 interactors. A general FP-based assay condition applicable to diverse peptide probes was determined and optimized. Mutagenesis and biophysical analyses were then employed to identify the most suitable peptide probe. The FITC-DCAF15 L49A peptide binds DDB1 with a dissociation constant of 68 nM and can be displaced competitively by unlabeled peptides at sub-μM to low nM concentrations. These peptide displacement assays can be used to screen small molecule libraries to identify novel modulators that could specifically antagonize DDB1 interactions toward development of antiviral and cancer therapeutics.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».