Multi-Ancestry Proteo-Genomic Association Study of eGFR
Notice bibliographique
Résumé
Background: Reduced eGFR impacts the concentration of proteins circulating in the plasma. Biomarkers may be released during injury without being harmful themselves. Thus, biomarker studies of CKD are prone to confounding by reverse causation. The concentration of plasma protein biomarkers is also influenced by genetic variation. As genotypes are static from birth, life-long differences in genetically predicted protein concentration can be used to identify potentially causal pathogenic or protective proteins while minimizing confounding and reverse causality. Jointly considering the impact of multiple variants on life-long protein concentration can discover novel associations in addition to variants identified in genome-wide association studies (GWAS). In a proteogenomic association study, we sought to test the impact of genetically predicted variation in 1,161 plasma proteins on eGFR. Methods: We searched for cis protein quantitative trait loci (pQTL) genetic variants associated with the concentration of 1,161 plasma proteins in a multi-ancestry sample of 10,753 participants from the Prospective Urban and Rural Epidemiological (PURE) study. Using two-sample Mendelian randomization, we tested if pQTL variants were also associated with eGFR and kidney traits in >1 million participants of published GWAS. We also examined colocalization of pQTL signals and eGFR GWAS results and the phenomewide impact of genetically altered concentration of the identified proteins. Results: 419 pQTL instruments were constructed in PURE including 4665 genetic variants. In GWAS data, genetically altered concentration of 27 protein biomarkers was associated with eGFR (P < 9.5 x 10-5). UMOD was the strongest signal, a positive control of the analysis. Six of the significant biomarkers were previously identified in GWAS; 12 were in identified loci but the causal gene under the GWAS peak was unknown; and 9 loci were unidentified in GWAS. Novel biomarker associations with eGFR include interesting biological candidates such as inhibin beta chain C, a subunit of activins, and proteinase-3, the antigen in PR3-ANCA vasculitis. Conclusions: Using a proteo-genomic association study, 27 biomarkers whose genetically predicted concentration were causally associated with changes in kidney function and risk of kidney disease including interesting biological candidates. Funding: Commercial Support - Bayer
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».