The Utility of an Inherited Kidney Disease Clinic Employing a Broad Range of Genomic Testing Platforms: Experience of the Irish Kidney Gene Project
Notice bibliographique
Résumé
Background: Inherited kidney diseases (IKD) are increasingly identified in adult patients. Here we demonstrate the diagnostic and clinical impact of evaluating patients with potential IKD in a dedicated IKD clinic (IKDC) utilising various genomic testing technologies (whole-exome sequencing, comprehensive gene-panel, and dedicated MUC-1 sequencing) and immunostaining. Methods: We undertook a prospective cohort study of adult patients referred to an academic medical centre with suspected monogenic cause as part of the Irish Kidney Gene Project (IKGP), between 2014 and 2020. Patients with chronic kidney disease (CKD) who had either a positive family history, extrarenal features, or had CKD of “unknown cause” (uCKD) were recruited from various centres across Ireland. We attempted to identify disease-causing variants and to assess the impact of the IKDC from diagnostic and clinical perspectives. Results: During this period, genetic testing was performed for 677 adults (n= 501 families). The median age was 53 years (range, 18-93 years) and 73.9% participants had reported a family history of renal disease. We achieved a molecular diagnostic rate of 56.7 % (384/677). Among the identified disease-causing variants, PKD was the largest cohort (n= 183, 47.8% for PKD1 and PKD2), while mutations in three other causative genes were most prevalent among the remaining identified 42 genes encompassing several Mendelian disorders; MUC-1 (n=31, 8.1%); COL4A5 (n=30, 7.8%); UMOD (n= 12, 3.3%). In the remaining 167 disease-causing variants, excluding PKD, the clinical diagnosis was confirmed in 60.5% and 18% of cases were reclassified. A molecular diagnosis was established in 27 (36.5%) patients with uCKD, implying the end of their diagnostic odyssey. Clinically, a diagnostic kidney biopsy was unnecessary in 13 (7.7%) patients based on the genomic testing, 80 (47.3%) had their treatment plan altered and further 76 (45%) patients had appropriate cascade testing. Conclusions: The IKDC is a valuable resource and the implementation of a broad range of diagnostic platforms has a direct clinical and therapeutic impact on treatment of patients with CKD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,009 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».