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Enregistrement W4396996428 · doi:10.1681/asn.20203110s1829c

Digenic Inheritance of Extracellular Matrix Mutations in a Family with FSGS

2020· article· en· W4396996428 sur OpenAlexaff
Saidah Hack, Poornima Vijayan, Tony Yao, Mohammad Azfar Qureshi, Rohan John, Andrew D. Paterson, York Pei, Moumita Barua

Notice bibliographique

RevueJournal of the American Society of Nephrology · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueBone and Dental Protein Studies
Établissements canadiensHospital for Sick ChildrenUniversity of TorontoToronto General Hospital
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésInheritance (genetic algorithm)Extracellular matrixGeneticsMedicineBiologyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background: Focal and segmental glomerulosclerosis (FSGS) is a histologic pattern of injury that characterizes a wide spectrum of diseases with different pathophysiologies and for which current diagnostic methods often fail to distinguish molecular mechanisms. We have recently reported whole exome sequencing (WES) in an adult FSGS cohort but most disease still remains unexplained. Methods: In an unexplained family with adult-onset autosomal dominant FSGS, WES was performed in 3 affected relatives to identify candidate genes. Results: The proband presented with proteinuria in his 20s and a renal biopsy at age 41 demonstrated FSGS (Figure 1). His two brothers also had FSGS documented in the 4th and 5th decades of life. The proband and his elder brother developed end-stage renal disease (ESRD) in the 5th decade of life while the youngest brother has stage 3b A3 CKD at age 59. Of the proband's 3 sisters, one developed proteinuria at the time of last followup at age 54. Her daughter whose renal biopsy also demonstrated FSGS at age 23, had approximately 3.3 g/d of proteinuria and an eGFR of 48 ml/min at age 30. After WES, five heterozygous rare variants were identified and sequenced in all affected relatives. Two of these variants segregated in affected family members and encoded extracellular mesangial matrix proteins. Renal biopsies showed classic segmental sclerosis/hyalinosis lesion on a background of mild mesangial hypercellularity. One of these genes is already reported to cause an autosomal recessive neurologic disorder.Figure 1.: (A) Pedigree of family FSGS15. Individuals with solid dot represents microalbuminuria. (B) Renal biopsy shows FSGS with a background of mild mesangial hypercellularity (PAS, 20x). Ultrastructural examination showed mild podocyte foot process effacement (2500x). ECM = extracellular matrixConclusions: We postulate that the additive effect of heterozygous mutations in extracellular matrix proteins leads to adult-onset FSGS. The absence of clinically significant extra-renal symptoms is likely as a result of the impact of the mutation which should lead to translated protein rather than complete deficiency seen in autosomal recessive disorders. Our results provide a signal of more complicated genetic inheritance patterns in unexplained families. Funding: Private Foundation Support, Government Support - Non-U.S.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,017

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0020,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0050,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,281
Écart entre enseignants0,259 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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