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Enregistrement W4397043900 · doi:10.1681/asn.20233411s1224a

Sex Differences in Glomerular Protein Expression in Mice with Autosomal Recessive Alport Syndrome

2023· article· en· W4397043900 sur OpenAlexaff
Emine Bilge Çaparali, V Gregorio, Akanchaya Rana, Joanna Cunanan, Sofia Farkona, Ana Konvalinka, Moumita Barua

Notice bibliographique

RevueJournal of the American Society of Nephrology · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCell Adhesion Molecules Research
Établissements canadiensPrincess Margaret Cancer CentreUniversity of TorontoToronto General HospitalUniversity Health Network
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésAlport syndromeEndocrinologyInternal medicineMedicineBiologyRenal glomerulusGlomerulonephritisGeneticsKidney

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background: Alport syndrome (AS) is a monogenic disorder that leads to progressive kidney disease, ear, and ocular abnormalities. It is caused by pathogenic variants in COL4A3, COL4A4, or COL4A5, which encode the α3, α4, and α5 chains of type IV collagen. COL4A3 and COL4A4 reside on chromosome 2q36, while COL4A5 is on the X chromosome. We evaluated for sex differences in mice with autosomal recessive AS. Methods: We compared differences in global protein expression in isolated glomeruli between 1-day old male and female Col4a3 knockout (KO) and wildtype (WT) mice with mass spectrometry (MS). MaxQuant was used for analysis and statistical tests were done on Perseus. Pathway analysis was performed using Gene Ontology. Results: At postnatal day 1 (P1), we observed more severe disease in male compared to female Col4a3 KO mice, as evidenced by higher urine albumin-creatinine ratios (uACR) (1088 mg/mmol vs. 875.6 mg/mmol, p=0.4). 309 significantly differentially expressed proteins in the glomerulus were identified, of which 208 were downregulated and 101 were upregulated in male Col4a3 KO mice. We also compared P1 WT male and female mice and no differentially expressed protein was detected at baseline. Interestingly, the well-known podocyte apical surface transmembrane sialoglycoprotein, podocalyxin, was upregulated in males compared to female Col4a3 KO mice. Pathway analysis showed that Col4a3 KO male mice also had decreased biological processes suggestive of impaired glomerular structure maintenance such as actin filament bundle assembly, cell morphogenesis involved in differentiation and endoplasmic reticulumnucleus signaling pathway. By contrast, pathways including peptide biosynthetic process and ATP biosynthetic process were found to be increased in male Col4a3 KO mice, possibly due to increased compensatory mechanisms. Conclusions: One day old male compared to female Col4a3 KO mice display more severe disease. Podocalyxin has been reported to be excreted in urine due to podocyte loss and we postulate that its upregulation in male Col4a3 KO mice may represent compensation. Overall, glomerular proteomic comparison highlights biological pathways that can explain phenotypic differences between male and female mice with autosomal recessive AS, though its mechanistic drivers are unclear. Funding: Private Foundation Support

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,014

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,020
Tête enseignante GPT0,295
Écart entre enseignants0,275 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
Routes d'admission1
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