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Enregistrement W4398236475 · doi:10.1515/cmb-2024-0005

Markov modeling on dynamic state space for genetic disorders and infectious diseases with mutations: Probabilistic framework, parameter estimation, and applications

2024· article· en· W4398236475 sur OpenAlexaff
Mouhamadou Djima Baranon, Patrick Weke, Judicaël Alladatin, Boni Maxime Ale

Notice bibliographique

RevueComputational and Mathematical Biophysics · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEvolution and Genetic Dynamics
Établissements canadiensUniversité de Montréal
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésProbabilistic logicMarkov chainMarkov modelState spaceMarkov processComputer scienceEstimation theoryComputational biologyMathematicsAlgorithmBiologyMachine learningArtificial intelligenceStatistics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The emergence and dynamic prevalence of genetic disorders and infectious diseases with mutations pose significant challenges for public health interventions. This study investigated the parameter estimation approach and the application of the dynamic state-space Markov modeling of these conditions. Using extensive simulations, the model demonstrated robust parameter estimation performance, with biases and mean-squared errors decreasing as sample size increased. Applying the model to COVID-19 data revealed distinct temporal patterns for each variant, highlighting their unique emergence, peak dominance, and decline or persistence trajectories. Despite the absence of clear trends in the data, the model exhibited a remarkable accuracy in predicting future prevalence trends for most variants, showcasing its potential for real-time monitoring and analysis. While some discrepancies were observed for specific variants, these findings suggest the model’s promise as a valuable tool for informing public health strategies. Further validation with larger datasets and exploration of incorporating additional factors hold the potential for enhancing the model’s generalizability and applicability to other evolving diseases.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,006
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,019
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,024
Score d'incertitude au seuil0,048

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0060,019
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,002
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,002
Communication savante0,0020,002
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0020,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,004
Tête enseignante GPT0,249
Écart entre enseignants0,244 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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