Surveillance des infections invasives à streptocoques du groupe A au Canada, 2021–2022
Notice bibliographique
Résumé
Contexte : L'infection invasive à streptocoques du groupe A (IISGA) (causée par Streptococcus pyogenes) est une maladie à déclaration obligatoire au Canada depuis 2000.Ce rapport résume les données démographiques, les types emm et la résistance aux antimicrobiens des IISGA au Canada en 2020.Méthodes : Le Laboratoire national de microbiologie de l'Agence de la santé publique du Canada collabore avec les laboratoires de santé publique provinciaux et territoriaux pour assurer la surveillance nationale du S. pyogenes invasif.Le typage des gènes emm a été effectué en utilisant le protocole de séquençage du gène emm des Centres de contrôle et de prévention des maladies (Centers for Disease Control and Prevention).Les susceptibilités antimicrobiennes ont été déterminées par diffusion sur disque de Kirby-Bauer, conformément aux directives de la Clinical and Laboratory Standards Institute ou prédites à partir des données de séquençage du génome entier en fonction de la présence de déterminants de la résistance.Résultats : Dans l'ensemble, l'incidence de l'IISGA au Canada était de 5,56 cas pour 100 000 habitants en 2021, en baisse par rapport au pic de 8,6 cas pour 100 000 habitants en 2018.Un total de 2 630 isolats de S. pyogenes invasif ont été prélevés en 2022, ce qui représente une augmentation par rapport à 2021 (n = 2 179).Plus particulièrement, il y a eu une forte augmentation des isolats prélevés entre octobre et décembre 2022.Le type emm le plus fréquent dans l'ensemble en 2021 et 2022 était emm49, à 21,5 % (n = 468) et 16,9 % (n = 444) respectivement, ce qui représente une augmentation significative de la prévalence depuis 2018 (p < 0,0001).L'ancien type le plus répandu, le gène emm1, est passé de 0,5 % (n = 10) en 2021 à 4,8 % (n = 125) en 2022; de même, le gène emm12 est passé de 1,0 % (n = 22) en 2021 à 5,8 % (n = 151) en 2022.Ces deux types représentaient ensemble près de 25 % des isolats prélevés à la fin de 2022 (octobre à décembre).Les taux de résistance aux antimicrobiens en 2021 et 2022 comprenaient 14,9 %/14,1 % de résistance à l'érythromycine, 4,8 %/3,0 % de résistance à la clindamycine et moins de 1 % de résistance au chloramphénicol.Conclusion : L'augmentation du nombre d'isolats d'IISGA prélevés au Canada est un problème de santé publique important.La surveillance continue de l'IISGA est essentielle afin de suivre l'expansion des types emm et les profils de résistance aux antimicrobiens Affiliations *Voir la liste complète des affiliations dans le
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».