Surveillance des infections invasives à streptocoques du groupe A au Canada, 2021–2022
Bibliographic record
Abstract
Contexte : L'infection invasive à streptocoques du groupe A (IISGA) (causée par Streptococcus pyogenes) est une maladie à déclaration obligatoire au Canada depuis 2000.Ce rapport résume les données démographiques, les types emm et la résistance aux antimicrobiens des IISGA au Canada en 2020.Méthodes : Le Laboratoire national de microbiologie de l'Agence de la santé publique du Canada collabore avec les laboratoires de santé publique provinciaux et territoriaux pour assurer la surveillance nationale du S. pyogenes invasif.Le typage des gènes emm a été effectué en utilisant le protocole de séquençage du gène emm des Centres de contrôle et de prévention des maladies (Centers for Disease Control and Prevention).Les susceptibilités antimicrobiennes ont été déterminées par diffusion sur disque de Kirby-Bauer, conformément aux directives de la Clinical and Laboratory Standards Institute ou prédites à partir des données de séquençage du génome entier en fonction de la présence de déterminants de la résistance.Résultats : Dans l'ensemble, l'incidence de l'IISGA au Canada était de 5,56 cas pour 100 000 habitants en 2021, en baisse par rapport au pic de 8,6 cas pour 100 000 habitants en 2018.Un total de 2 630 isolats de S. pyogenes invasif ont été prélevés en 2022, ce qui représente une augmentation par rapport à 2021 (n = 2 179).Plus particulièrement, il y a eu une forte augmentation des isolats prélevés entre octobre et décembre 2022.Le type emm le plus fréquent dans l'ensemble en 2021 et 2022 était emm49, à 21,5 % (n = 468) et 16,9 % (n = 444) respectivement, ce qui représente une augmentation significative de la prévalence depuis 2018 (p < 0,0001).L'ancien type le plus répandu, le gène emm1, est passé de 0,5 % (n = 10) en 2021 à 4,8 % (n = 125) en 2022; de même, le gène emm12 est passé de 1,0 % (n = 22) en 2021 à 5,8 % (n = 151) en 2022.Ces deux types représentaient ensemble près de 25 % des isolats prélevés à la fin de 2022 (octobre à décembre).Les taux de résistance aux antimicrobiens en 2021 et 2022 comprenaient 14,9 %/14,1 % de résistance à l'érythromycine, 4,8 %/3,0 % de résistance à la clindamycine et moins de 1 % de résistance au chloramphénicol.Conclusion : L'augmentation du nombre d'isolats d'IISGA prélevés au Canada est un problème de santé publique important.La surveillance continue de l'IISGA est essentielle afin de suivre l'expansion des types emm et les profils de résistance aux antimicrobiens Affiliations *Voir la liste complète des affiliations dans le
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How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.001 | 0.002 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.002 | 0.003 |
| Science and technology studies | 0.001 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.000 |
| Open science | 0.001 | 0.001 |
| Research integrity | 0.000 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.002 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".