Reviewer #3 (Public Review): Maternal smoking DNA methylation risk score associated with health outcomes in offspring of European and South Asian ancestry
Notice bibliographique
Résumé
Maternal smoking has been linked to adverse health outcomes in newborns but the extent to which it impacts newborn health has not been quantified through an aggregated cord blood DNA methylation (DNAm) score. Here we examine the feasibility of using cord blood DNAm scores leveraging large external studies as discovery samples to capture the epigenetic signature of maternal smoking and its influence on newborns in White European and South Asian populations. We first examined association between individual CpGs and cigarette smoking during pregnancy, smoking exposure in two White European birth cohorts (n = 744). Several previously reported genes for maternal smoking were supported, with the strongest and most consistent signal from the GFI1 gene (6 CpGs with p < 5×10-5). Leveraging established CpGs for maternal smoking, we constructed a cord blood epigenetic score of maternal smoking that was internally validated in one of the European-origin cohorts (n = 347). This score was then tested for association with smoking status, secondary smoking exposure during pregnancy, and health outcomes in offspring measured after birth in an independent white European (n = 397) and a South Asian birth cohort (n = 504). The epigenetic maternal smoking score was strongly associated with smoking status during pregnancy (OR=1.09 [1.07,1.10], p=1.96×10-32) and more hours of self-reported smoking exposure per week (1.97 [1.22, 2.71], p=2.80×10-7) in White Europeans, but not with self-reported exposure (p > 0.05) in South Asians. The same score was consistently associated with smaller birth size (-0.22 cm [-0.35, -0.083], p=0.0016) and lower birth weight (-0.05kg [-0.075, -0.025], p =3.42×10-4) in the combined South Asian and White European cohorts. This cord blood epigenetic score can help identify babies exposed to maternal smoking and assess its long-term impact on growth. Notably, these results indicate a consistent association between the DNAm signature of maternal smoking and a small body size and low birthweight in newborns, in both white European mothers who exhibited some amount of smoking and in South Asian mothers who themselves were not active smokers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,051 | 0,308 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,006 | 0,006 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,003 |
| Communication savante | 0,008 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,007 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,019 | 0,006 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,065 | 0,017 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».