Lack of correlation between in vitro and within patient measures of P. aeruginosa biofilms in cystic fibrosis
Notice bibliographique
Résumé
Current in vitro biofilm modelling of the opportunistic pathogen, Pseudomonas aeruginosa (PA) in people with cystic fibrosis (PwCF) is limited in its ability to mimic the complexities of the cystic fibrosis (CF) lung environment. Recent adaptations of the Microbial Identification after Passive CLARITY Technique (MiPACT) in CF research have allowed for the direct imaging of PA biofilm spatial organization and structure in expectorated sputum. Here, we performed a comparative analysis of in vitro and within patient ( ex vivo ) measures of PA biofilms using sputa from new onset infected children with CF. MiPACT-fluorescent in situ hybridization (FISH) and fluorescent anti-Psl monoclonal antibody (mAb) staining was performed to directly visualize PA and Psl (exopolysaccharide in PA biofilm matrix) in 11 CF sputum specimens. Corresponding PA isolates, recovered from the same sputum samples, were grown as biofilms in a glass slide chamber model, then visualized by fluorescent live-cell and anti-Psl mAb staining. We observed that PA biovolume, aggregation and Psl antibody binding (normalized per PA biovolume) in CF sputum did not correlate with the in vitro model, although a trend towards significance in the biovolume relationship was observed with the addition of sputum supernatant to the in vitro model.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».